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Structure paper

タイトルStructural Insights into Iron Ions Accumulation in Dps Nanocage.
ジャーナル・号・ページInt J Mol Sci, Vol. 23, Issue 10, Year 2022
掲載日2022年5月10日
著者Yury Chesnokov / Andrey Mozhaev / Roman Kamyshinsky / Alexander Gordienko / Liubov Dadinova /
PubMed 要旨Dps (DNA-binding protein from starved cells) is well known for the structural protection of bacterial DNA by the formation of highly ordered intracellular assemblies under stress conditions. ...Dps (DNA-binding protein from starved cells) is well known for the structural protection of bacterial DNA by the formation of highly ordered intracellular assemblies under stress conditions. Moreover, this ferritin-like protein can perform fast oxidation of ferrous ions and subsequently accumulate clusters of ferric ions in its nanocages, thus providing the bacterium with physical and chemical protection. Here, cryo-electron microscopy was used to study the accumulation of iron ions in the nanocage of a Dps protein from . We demonstrate that Fe concentration in the solution and incubation time have an insignificant effect on the volume and the morphology of iron minerals formed in Dps nanocages. However, an increase in the Fe level leads to an increase in the proportion of larger clusters and the clusters themselves are composed of discrete ~1-1.5 nm subunits.
リンクInt J Mol Sci / PubMed:35628121 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.59 - 14.5 Å
構造データ

EMDB-14943: Structure of DPS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

EMDB-14948: Dps nanocage with the "small circle" mineral core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-14949: Dps nanocage with the "dumbbell" mineral core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.9 Å

EMDB-14950: Dps nanocage with a medium mineral core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.8 Å

EMDB-14951: Dps nanocage with a large mineral core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.5 Å

EMDB-14952: Dps nanocage with the symmetrical hollow mineral core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

由来
  • Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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