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タイトルCryo-EM structure of the Smc5/6 holo-complex.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 50, Issue 16, Page 9505-9520, Year 2022
掲載日2022年9月9日
著者Stephen T Hallett / Isabella Campbell Harry / Pascale Schellenberger / Lihong Zhou / Nora B Cronin / Jonathan Baxter / Thomas J Etheridge / Johanne M Murray / Antony W Oliver /
PubMed 要旨The Smc5/6 complex plays an essential role in the resolution of recombination intermediates formed during mitosis or meiosis, or as a result of the cellular response to replication stress. It also ...The Smc5/6 complex plays an essential role in the resolution of recombination intermediates formed during mitosis or meiosis, or as a result of the cellular response to replication stress. It also functions as a restriction factor preventing viral replication. Here, we report the cryogenic EM (cryo-EM) structure of the six-subunit budding yeast Smc5/6 holo-complex, reconstituted from recombinant proteins expressed in insect cells - providing both an architectural overview of the entire complex and an understanding of how the Nse1/3/4 subcomplex binds to the hetero-dimeric SMC protein core. In addition, we demonstrate that a region within the head domain of Smc5, equivalent to the 'W-loop' of Smc4 or 'F-loop' of Smc1, mediates an important interaction with Nse1. Notably, mutations that alter the surface-charge profile of the region of Nse1 which accepts the Smc5-loop, lead to a slow-growth phenotype and a global reduction in the chromatin-associated fraction of the Smc5/6 complex, as judged by single molecule localisation microscopy experiments in live yeast. Moreover, when taken together, our data indicates functional equivalence between the structurally unrelated KITE and HAWK accessory subunits associated with SMC complexes.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:35993814 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度6.5 - 8.53 Å
構造データ

EMDB-13893: Cryo-EM structure of the Smc5/6 holo-complex; map for head-end of complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-13894: CryoEM structure of the Smc5/6 holocomplex; map for hinge and arm region.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.53 Å

13895

7qcd

EMDB-13895, PDB-7qcd:
CryoEM structure of the Smc5/6-holocomplex (composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
キーワードRECOMBINATION (遺伝的組換え) / Structural Maintenance of Chromosomes / SMC / holo-complex / stalled replication fork

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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