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Structure paper

タイトルA modular platform for automated cryo-FIB workflows.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 10, Year 2021
掲載日2021年12月24日
著者Sven Klumpe / Herman Kh Fung / Sara K Goetz / Ievgeniia Zagoriy / Bernhard Hampoelz / Xiaojie Zhang / Philipp S Erdmann / Janina Baumbach / Christoph W Müller / Martin Beck / Jürgen M Plitzko / Julia Mahamid /
PubMed 要旨Lamella micromachining by focused ion beam milling at cryogenic temperature (cryo-FIB) has matured into a preparation method widely used for cellular cryo-electron tomography. Due to the limited ...Lamella micromachining by focused ion beam milling at cryogenic temperature (cryo-FIB) has matured into a preparation method widely used for cellular cryo-electron tomography. Due to the limited ablation rates of low Ga ion beam currents required to maintain the structural integrity of vitreous specimens, common preparation protocols are time-consuming and labor intensive. The improved stability of new-generation cryo-FIB instruments now enables automated operations. Here, we present an open-source software tool, SerialFIB, for creating automated and customizable cryo-FIB preparation protocols. The software encompasses a graphical user interface for easy execution of routine lamellae preparations, a scripting module compatible with available Python packages, and interfaces with three-dimensional correlative light and electron microscopy (CLEM) tools. SerialFIB enables the streamlining of advanced cryo-FIB protocols such as multi-modal imaging, CLEM-guided lamella preparation and in situ lamella lift-out procedures. Our software therefore provides a foundation for further development of advanced cryogenic imaging and sample preparation protocols.
リンクElife / PubMed:34951584 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度20.8 - 24.0 Å
構造データ

EMDB-13832:
Subtomogram average of 80S ribosomes from a cryo-FIB-lamella of Sum159 human cell line
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-13833:
Cryo-electron tomograms from cryo-FIB-lamellae of Sum159 human cell line
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13834:
Subtomogram average of 80S ribosomes from a cryo-FIB-lamella of Sum159 human cell line prepared after cryo-FIB-SEM volume imaging
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-13835:
Subtomogram average of 80S ribosomes a cryo-FIB-lamella of Sum159 human cell line prepared after cryo-FIB-SEM volume imaging
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13836:
Cryo-electron tomogram of a cryo-FIB lamella of a HeLa cell
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13837:
Cryo-electron tomogram of a cryo-FIB lamella of Emiliania huxleyi cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13838:
Cryo-electron tomogram of a 3D correlated lipid droplet in a cryo-FIB-milled HeLa cell
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13878:
Cryo-electron tomogram from a cryo-FIB lift-out lamella of Drosophila melanogaster egg chambers
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-13879:
Subtomogram average of D. melanogaster Ribosomes from tomograms collected on a cryo-lift-out lamella
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.8 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Emiliania huxleyi (真核生物)
  • Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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