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タイトルAllosteric transcription stimulation by RNA polymerase II super elongation complex.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 16, Page 3386-3399.e10, Year 2021
掲載日2021年8月19日
著者Ying Chen / Seychelle M Vos / Christian Dienemann / Momchil Ninov / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
PubMed 要旨The super elongation complex (SEC) contains the positive transcription elongation factor b (P-TEFb) and the subcomplex ELL2-EAF1, which stimulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation. Here, we ...The super elongation complex (SEC) contains the positive transcription elongation factor b (P-TEFb) and the subcomplex ELL2-EAF1, which stimulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of ELL2-EAF1 bound to a RNA Pol II elongation complex at 2.8 Å resolution. The ELL2-EAF1 dimerization module directly binds the RNA Pol II lobe domain, explaining how SEC delivers P-TEFb to RNA Pol II. The same site on the lobe also binds the initiation factor TFIIF, consistent with SEC binding only after the transition from transcription initiation to elongation. Structure-guided functional analysis shows that the stimulation of RNA elongation requires the dimerization module and the ELL2 linker that tethers the module to the RNA Pol II protrusion. Our results show that SEC stimulates elongation allosterically and indicate that this stimulation involves stabilization of a closed conformation of the RNA Pol II active center cleft.
リンクMol Cell / PubMed:34265249
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 4.14 Å
構造データ

EMDB-12966:
Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1 Map 5, Focused map for ELL2-EAF1 region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

EMDB-12967:
Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1, Map 6, Focused map for the stalk of Pol II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-12968:
Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1, Map 7, Focused map for Pol II core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

12969

7okx

EMDB-12969: Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF (SPT5-KOW5)-ELL2-EAF1, Composite map 1 (Primary map)
PDB-7okx: Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF (SPT5-KOW5)-ELL2-EAF1 (composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-12970:
Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1, Map 8, Global map used to fit upstream DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-12971:
Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1, Map 9, Global map used to fit SPT4-SPT5-NGN
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-12972:
Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1, Map 10, Global map used to fit SPT5-KOW2-3-KOWX-4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.14 Å

12973

7oky

EMDB-12973: Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1, composite map 2
PDB-7oky: Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1(composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.14 Å

12974

7ol0

EMDB-12974: Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF (SPT5-KOW5) alone, Map 11, Global map
PDB-7ol0: Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF (SPT5-KOW5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • hiv whole-genome vector aa1305#18 (その他)
  • pig (ブタ)
キーワードTRANSCRIPTION / Pol II / Super elongation complex / ELL2 / EAF1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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