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Structure paper

タイトルNanofluidic chips for cryo-EM structure determination from picoliter sample volumes.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 11, Year 2022
掲載日2022年1月21日
著者Stefan T Huber / Edin Sarajlic / Roeland Huijink / Felix Weis / Wiel H Evers / Arjen J Jakobi /
PubMed 要旨Cryogenic electron microscopy has become an essential tool for structure determination of biological macromolecules. In practice, the difficulty to reliably prepare samples with uniform ice thickness ...Cryogenic electron microscopy has become an essential tool for structure determination of biological macromolecules. In practice, the difficulty to reliably prepare samples with uniform ice thickness still represents a barrier for routine high-resolution imaging and limits the current throughput of the technique. We show that a nanofluidic sample support with well-defined geometry can be used to prepare cryo-EM specimens with reproducible ice thickness from picoliter sample volumes. The sample solution is contained in electron-transparent nanochannels that provide uniform thickness gradients without further optimisation and eliminate the potentially destructive air-water interface. We demonstrate the possibility to perform high-resolution structure determination with three standard protein specimens. Nanofabricated sample supports bear potential to automate the cryo-EM workflow, and to explore new frontiers for cryo-EM applications such as time-resolved imaging and high-throughput screening.
リンクElife / PubMed:35060902 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (トモグラフィー)
解像度3.0 - 5.4 Å
構造データ

12901

7ohf

EMDB-12901, PDB-7ohf:
Cryo-EM structure of pyrococcus furiosus apoferritin in nanofluidic channels
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-12902:
Electron cryo-tomogram of pyrococcus furiosus apoferritin in nanofluidic channels
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-12903:
Cryo-EM structure of tobacco mosaic virus in nanofluidic channels
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-12914:
Electron cryo-tomogram of tobacco mosaic virus in nanofluidic channels
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-12915:
Cryo-EM structure of T20S proteasome in nanofluidic channels
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-12917:
Electron cryo-tomogram of T20S proteasome in nanofluidic channels
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • pyrococcus furiosus com1 (古細菌)
  • Tobacco mosaic virus (ウイルス)
  • Thermoplasma acidophilum (好酸性)
キーワードMETAL TRANSPORT / Iron Storage

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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