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タイトルRbfA Is Involved in Two Important Stages of 30S Subunit Assembly: Formation of the Central Pseudoknot and Docking of Helix 44 to the Decoding Center.
ジャーナル・号・ページInt J Mol Sci, Vol. 22, Issue 11, Year 2021
掲載日2021年6月7日
著者Elena M Maksimova / Alexey P Korepanov / Olesya V Kravchenko / Timur N Baymukhametov / Alexander G Myasnikov / Konstantin S Vassilenko / Zhanna A Afonina / Elena A Stolboushkina /
PubMed 要旨Ribosome biogenesis is a highly coordinated and complex process that requires numerous assembly factors that ensure prompt and flawless maturation of ribosomal subunits. Despite the increasing amount ...Ribosome biogenesis is a highly coordinated and complex process that requires numerous assembly factors that ensure prompt and flawless maturation of ribosomal subunits. Despite the increasing amount of data collected, the exact role of most assembly factors and mechanistic details of their operation remain unclear, mainly due to the shortage of high-resolution structural information. Here, using cryo-electron microscopy, we characterized 30S ribosomal particles isolated from an   strain with a deleted gene for the RbfA factor. The cryo-EM maps for pre-30S subunits were divided into six classes corresponding to consecutive assembly intermediates: from the particles with a completely unresolved head domain and unfolded central pseudoknot to almost mature 30S subunits with well-resolved body, platform, and head domains and partially distorted helix 44. The structures of two predominant 30S intermediates belonging to most populated classes obtained at 2.7 Å resolutions indicate that RbfA acts at two distinctive 30S assembly stages: early formation of the central pseudoknot including folding of the head, and positioning of helix 44 in the decoding center at a later stage. Additionally, it was shown that the formation of the central pseudoknot may promote stabilization of the head domain, likely through the RbfA-dependent maturation of the neck helix 28. An update to the model of factor-dependent 30S maturation is proposed, suggesting that RfbA is involved in most of the subunit assembly process.
リンクInt J Mol Sci / PubMed:34200244 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.69 - 12.0 Å
構造データ

EMDB-12854:
E.coli pre-30S delta rbfA ribosome subnit class E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

EMDB-12855:
E. coli pre-30S delta rbfA ribosomal subunit class A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

12856

7oe0

EMDB-12856, PDB-7oe0:
E. coli pre-30S delta rbfA ribosomal subunit class F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

12857

7oe1

EMDB-12857, PDB-7oe1:
30S ribosomal subunit from E. coli
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

12916

7oi0

EMDB-12916, PDB-7oi0:
E.coli delta rbfA pre-30S ribosomal subunit class D
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • escherichia coli bw25113 (大腸菌)
  • escherichia coli str. k-12 substr. mg1655 (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / 30S subunit / RNA / RbfA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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