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タイトルStructure of native HIV-1 cores and their interactions with IP6 and CypA.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 7, Issue 47, Page eabj5715, Year 2021
掲載日2021年11月19日
著者Tao Ni / Yanan Zhu / Zhengyi Yang / Chaoyi Xu / Yuriy Chaban / Tanya Nesterova / Jiying Ning / Till Böcking / Michael W Parker / Christina Monnie / Jinwoo Ahn / Juan R Perilla / Peijun Zhang /
PubMed 要旨The viral capsid plays essential roles in HIV replication and is a major platform engaging host factors. To overcome challenges in study native capsid structure, we used the perfringolysin O to ...The viral capsid plays essential roles in HIV replication and is a major platform engaging host factors. To overcome challenges in study native capsid structure, we used the perfringolysin O to perforate the membrane of HIV-1 particles, thus allowing host proteins and small molecules to access the native capsid while improving cryo–electron microscopy image quality. Using cryo–electron tomography and subtomogram averaging, we determined the structures of native capsomers in the presence and absence of inositol hexakisphosphate (IP6) and cyclophilin A and constructed an all-atom model of a complete HIV-1 capsid. Our structures reveal two IP6 binding sites and modes of cyclophilin A interactions. Free energy calculations substantiate the two binding sites at R18 and K25 and further show a prohibitive energy barrier for IP6 to pass through the pentamer. Our results demonstrate that perfringolysin O perforation is a valuable tool for structural analyses of enveloped virus capsids and interactions with host cell factors.
リンクSci Adv / PubMed:34797722 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度5.4 - 11.5 Å
構造データ

EMDB-12452:
The cryoEM density map hexamer from PFO perforated VLPs in apo state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-12454:
The cryoEM density map hexamer from PFO perforated VLPs in the presence of IP6/CypA
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-12455:
The cryoEM density map hexamer from PFO perforated VLPs in the presence of IP6/CypA-DsRed
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-12456:
The cryoEM density map pentamer from PFO perforated VLPs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-12457:
The cryoEM density map pentamer from PFO perforated VLPs in the presence of IP6/CypA
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-12458:
The cryoEM density map pentamer from PFO perorated VLPs in the presence of IP6/CypA-DsRed
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-12459:
The cryoEM density map of hexamer CypA-DsRed binding mode with Two-CypA
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.4 Å

EMDB-12460:
The cryoEM density map of CA hexamers CypA-DsRed binding mode with one-CypA
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.5 Å

EMDB-13422:
The cryoEM density map pentamer from PFO perforated VLPs in presence of IP6
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.2 Å

EMDB-13423:
The cryoEM density map hexamer from PFO perforated VLPs in presence of IP6
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.4 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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