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タイトルMapping inhibitory sites on the RNA polymerase of the 1918 pandemic influenza virus using nanobodies.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 251, Year 2022
掲載日2022年1月11日
著者Jeremy R Keown / Zihan Zhu / Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Itziar Serna Martin / Els Pardon / Jan Steyaert / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /
PubMed 要旨Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA- ...Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA-dependent RNA polymerase which transcribes and replicates the viral RNA genome. The polymerase undergoes conformational rearrangements and interacts with viral and host proteins to perform these functions. Here we determine the structure of the 1918 influenza virus polymerase in transcriptase and replicase conformations using cryo-electron microscopy (cryo-EM). We then structurally and functionally characterise the binding of single-domain nanobodies to the polymerase of the 1918 pandemic influenza virus. Combining these functional and structural data we identify five sites on the polymerase which are sensitive to inhibition by nanobodies. We propose that the binding of nanobodies at these sites either prevents the polymerase from assuming particular functional conformations or interactions with viral or host factors. The polymerase is highly conserved across the influenza A subtypes, suggesting these sites as effective targets for potential influenza antiviral development.
リンクNat Commun / PubMed:35017564 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.68 - 6.72 Å
構造データ

EMDB-12322, PDB-7nha:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer - Endonuclease and priming loop ordered (Class2a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

EMDB-12323, PDB-7nhc:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer - Endonuclease ordered (Class2b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-12342, PDB-7nhx:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer - full transcriptase (Class1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-12348, PDB-7ni0:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer - Replicase (class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-12361, PDB-7nik:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8189 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-12362, PDB-7nil:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8190 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.01 Å

EMDB-12363, PDB-7nir:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8191 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-12364, PDB-7nis:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8192 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.96 Å

EMDB-12371, PDB-7nj3:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8196 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.48 Å

EMDB-12372, PDB-7nj4:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8198 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.84 Å

EMDB-12373, PDB-7nj5:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8199 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.63 Å

EMDB-12375, PDB-7nj7:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8200 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.82 Å

EMDB-12428, PDB-7nk1:
1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA promoters and Nb8201
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.22 Å

EMDB-12429, PDB-7nk2:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8202 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.84 Å

EMDB-12430, PDB-7nk4:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8203 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.32 Å

EMDB-12431, PDB-7nk6:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8204
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.72 Å

EMDB-12433, PDB-7nk8:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8205 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.34 Å

EMDB-12435, PDB-7nka:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8206
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.07 Å

EMDB-12437, PDB-7nkc:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8207
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.46 Å

EMDB-12440, PDB-7nki:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8209 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.67 Å

EMDB-12447, PDB-7nkr:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer with Nb8210
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

PDB-7nfq:
Fujian capmidlink domain in complex with Nb8193
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-7nfr:
Fujian capmidlink domain in complex with Nb8194
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-7nft:
Fujian capbinding domain in complex with Nb8208
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.14 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

由来
  • influenza a virus (strain a/brevig mission/1/1918 h1n1) (A型インフルエンザウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
  • staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
  • influenza a virus (a/brevig mission/1/1918(h1n1)) (A型インフルエンザウイルス)
  • camelidae mixed library (哺乳類)
  • Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1))
  • influenza a virus (a/duck/fujian/13/2002(h5n1)) (A型インフルエンザウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza polymerase / cap-binding domain / nanobody / Influenza / RNA polymerase / H1N1 / 1918 / Influenza virus / polymerase / RdRp

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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