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タイトルStructures of Class I and Class II Transcription Complexes Reveal the Molecular Basis of RamA-Dependent Transcription Activation.
ジャーナル・号・ページAdv Sci (Weinh), Vol. 9, Issue 4, Page e2103669, Year 2022
掲載日2021年11月10日
著者Min Hao / Fuzhou Ye / Milija Jovanovic / Ioly Kotta-Loizou / Qingqing Xu / Xiaohua Qin / Martin Buck / Xiaodong Zhang / Minggui Wang /
PubMed 要旨Transcription activator RamA is linked to multidrug resistance of Klebsiella pneumoniae through controlling genes that encode efflux pumps (acrA) and porin-regulating antisense RNA (micF). In ...Transcription activator RamA is linked to multidrug resistance of Klebsiella pneumoniae through controlling genes that encode efflux pumps (acrA) and porin-regulating antisense RNA (micF). In bacteria, σ , together with activators, controls the majority of genes by recruiting RNA polymerase (RNAP) to the promoter regions. RNAP and σ form a holoenzyme that recognizes -35 and -10 promoter DNA consensus sites. Many activators bind upstream from the holoenzyme and can be broadly divided into two classes. RamA acts as a class I activator on acrA and class II activator on micF, respectively. The authors present biochemical and structural data on RamA in complex with RNAP-σ at the two promoters and the data reveal the molecular basis for how RamA assembles and interacts with core RNAP and activates transcription that contributes to antibiotic resistance. Further, comparing with CAP/TAP complexes reveals common and activator-specific features in activator binding and uncovers distinct roles of the two C-terminal domains of RNAP α subunit.
リンクAdv Sci (Weinh) / PubMed:34761556 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.2 - 4.5 Å
構造データ

12156

7bef

EMDB-12156, PDB-7bef:
Structures of class II bacterial transcription complexes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

12157

7beg

EMDB-12157, PDB-7beg:
Structures of class I bacterial transcription complexes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • Escherichia coli K-12 (大腸菌)
  • klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードTRANSCRIPTION / antibiotic resistance / bacterial transcription activator / cryoEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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