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タイトルStructural and functional analysis of the promiscuous AcrB and AdeB efflux pumps suggests different drug binding mechanisms.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 6919, Year 2021
掲載日2021年11月25日
著者Alina Ornik-Cha / Julia Wilhelm / Jessica Kobylka / Hanno Sjuts / Attilio V Vargiu / Giuliano Malloci / Julian Reitz / Anja Seybert / Achilleas S Frangakis / Klaas M Pos /
PubMed 要旨Upon antibiotic stress Gram-negative pathogens deploy resistance-nodulation-cell division-type tripartite efflux pumps. These include a H/drug antiporter module that recognizes structurally diverse ...Upon antibiotic stress Gram-negative pathogens deploy resistance-nodulation-cell division-type tripartite efflux pumps. These include a H/drug antiporter module that recognizes structurally diverse substances, including antibiotics. Here, we show the 3.5 Å structure of subunit AdeB from the Acinetobacter baumannii AdeABC efflux pump solved by single-particle cryo-electron microscopy. The AdeB trimer adopts mainly a resting state with all protomers in a conformation devoid of transport channels or antibiotic binding sites. However, 10% of the protomers adopt a state where three transport channels lead to the closed substrate (deep) binding pocket. A comparison between drug binding of AdeB and Escherichia coli AcrB is made via activity analysis of 20 AdeB variants, selected on basis of side chain interactions with antibiotics observed in the AcrB periplasmic domain X-ray co-structures with fusidic acid (2.3 Å), doxycycline (2.1 Å) and levofloxacin (2.7 Å). AdeABC, compared to AcrAB-TolC, confers higher resistance to E. coli towards polyaromatic compounds and lower resistance towards antibiotic compounds.
リンクNat Commun / PubMed:34824229 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.1 - 3.84 Å
構造データ

12088

7b8p

EMDB-12088, PDB-7b8p:
Acinetobacter baumannii multidrug transporter AdeB in OOO state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

12089

7b8q

EMDB-12089, PDB-7b8q:
Acinetobacter baumannii multidrug transporter AdeB in L*OO state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

PDB-7b8r:
Doxycycline bound structure of bacterial efflux pump.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-7b8s:
Fusidic acid bound structure of bacterial efflux pump.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-7b8t:
Levofloxacin bound structure of bacterial efflux pump.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-DXT:
(4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE / ドキシサイクリン / 抗生剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FUA:
FUSIDIC ACID / フシジン酸 / 抗生剤, Antimicrobial*YM

ChemComp-LFX:
(3S)-9-fluoro-3-methyl-10-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-oxo-2,3-dihydro-7H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid / レボフロキサシン / 薬剤, 抗生剤*YM

由来
  • Acinetobacter baumannii AYE (バクテリア)
  • acinetobacter baumannii (strain aye) (バクテリア)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RND-transporter / multidrug transporter / antibiotic resistance / membrane protein / RND transporter / multidrug resistance / efflux pump / antibiotics

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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