[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルTubulin glycylation controls axonemal dynein activity, flagellar beat, and male fertility.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 371, Issue 6525, Year 2021
掲載日2021年1月8日
著者Sudarshan Gadadhar / Gonzalo Alvarez Viar / Jan Niklas Hansen / An Gong / Aleksandr Kostarev / Côme Ialy-Radio / Sophie Leboucher / Marjorie Whitfield / Ahmed Ziyyat / Aminata Touré / Luis Alvarez / Gaia Pigino / Carsten Janke /
PubMed 要旨Posttranslational modifications of the microtubule cytoskeleton have emerged as key regulators of cellular functions, and their perturbations have been linked to a growing number of human pathologies. ...Posttranslational modifications of the microtubule cytoskeleton have emerged as key regulators of cellular functions, and their perturbations have been linked to a growing number of human pathologies. Tubulin glycylation modifies microtubules specifically in cilia and flagella, but its functional and mechanistic roles remain unclear. In this study, we generated a mouse model entirely lacking tubulin glycylation. Male mice were subfertile owing to aberrant beat patterns of their sperm flagella, which impeded the straight swimming of sperm cells. Using cryo-electron tomography, we showed that lack of glycylation caused abnormal conformations of the dynein arms within sperm axonemes, providing the structural basis for the observed dysfunction. Our findings reveal the importance of microtubule glycylation for controlled flagellar beating, directional sperm swimming, and male fertility.
リンクScience / PubMed:33414192 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度24.0 - 38.4 Å
構造データ

EMDB-11942:
"Tubulin glycylation controls axonemal dynein activity, flagellar beat and male fertility": Pre-pre-power stroke conformation of the mouse sperm outer dynein arms (ODAs). Both beta- and gamma-heavy chains are in pre-power stroke conformation. Cryo-ET, classification and sub-tomogram averaging.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.7 Å

EMDB-11943:
"Tubulin glycylation controls axonemal dynein activity, flagellar beat and male fertility": Pre-post-power stroke conformation of the mouse sperm outer dynein arms (ODAs), with gamma-heavy chain in pre-power stroke conformation and beta-heavy chain in post-power stroke conformation. Cryo-ET, classification and sub-tomogram averaging.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.7 Å

EMDB-11944:
Post-pre-power stroke conformation of the mouse sperm outer dynein arms (ODAs), with gamma-heavy chain in post-power stroke conformation and beta-heavy chain in pre-power stroke conformation. Reconstruction obtained by sub-tomogram classification and averaging from cryo-electron tomograms of active flagella of mouse sperm cells.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.4 Å

EMDB-11945:
Post-post-power stroke conformation of the mouse sperm outer dynein arms (ODAs), with both gamma-heavy chain and beta-heavy chain in post-power stroke conformation. Reconstruction obtained with sub-tomogram classification and averaging from cryo-electron tomograms of active flagella of mouse sperm cells.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 34.5 Å

EMDB-11946:
Axonemal 96nm-repeat from active sperm flagella of wild type mouse. Reconstruction obtained with cryo-ET and sub-tomogram averaging.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-11947:
Axonemal 96nm-repeat from active sperm flagella of glycylation deficient mouse (Ttll3-/-Ttll8-/- mutation). Reconstruction obtained with cryo-ET and sub-tomogram averaging.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.0 Å

EMDB-11948:
Axonemal 96nm-repeat from active flagella of wild type mouse, showing inner dynein arms (IDAs) in pre-power stroke conformations. Reconstruction obtained with classification and averaging of sub-tomograms from cryo-electron tomograms of wild type active flagella.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.7 Å

EMDB-11949:
Axonemal 96nm-repeat from active flagella of wild type mouse, showing inner dynein arms (IDAs) in post-power stroke conformations. Reconstruction obtained with classification and averaging of sub-tomograms from cryo-electron tomograms of wild type active flagella.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.2 Å

由来
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る