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タイトルStructure of the Maturing 90S Pre-ribosome in Association with the RNA Exosome.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 2, Page 293-303.e4, Year 2021
掲載日2021年1月21日
著者Benjamin Lau / Jingdong Cheng / Dirk Flemming / Giuseppe La Venuta / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt /
PubMed 要旨Ribosome assembly is catalyzed by numerous trans-acting factors and coupled with irreversible pre-rRNA processing, driving the pathway toward mature ribosomal subunits. One decisive step early in ...Ribosome assembly is catalyzed by numerous trans-acting factors and coupled with irreversible pre-rRNA processing, driving the pathway toward mature ribosomal subunits. One decisive step early in this progression is removal of the 5' external transcribed spacer (5'-ETS), an RNA extension at the 18S rRNA that is integrated into the huge 90S pre-ribosome structure. Upon endo-nucleolytic cleavage at an internal site, A, the 5'-ETS is separated from the 18S rRNA and degraded. Here we present biochemical and cryo-electron microscopy analyses that depict the RNA exosome, a major 3'-5' exoribonuclease complex, in a super-complex with the 90S pre-ribosome. The exosome is docked to the 90S through its co-factor Mtr4 helicase, a processive RNA duplex-dismantling helicase, which strategically positions the exosome at the base of 5'-ETS helices H9-H9', which are dislodged in our 90S-exosome structures. These findings suggest a direct role of the exosome in structural remodeling of the 90S pre-ribosome to drive eukaryotic ribosome synthesis.
リンクMol Cell / PubMed:33326748
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 7.5 Å
構造データ

11807

7ajt

EMDB-11807, PDB-7ajt:
Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Pre-A1-exosome)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

11808

7aju

EMDB-11808, PDB-7aju:
Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1-exosome)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-11809:
Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1-exosome, Dhr1-Dim1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードRIBOSOME / Ribosome biogenesis / Exosome / 90S pre-ribosome / A1 cleavage / Mtr4

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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