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タイトルIn situ structure of the Caulobacter crescentus flagellar motor and visualization of binding of a CheY-homolog.
ジャーナル・号・ページMol Microbiol, Vol. 114, Issue 3, Page 443-453, Year 2020
掲載日2020年5月25日
著者Florian M Rossmann / Isabelle Hug / Matteo Sangermani / Urs Jenal / Morgan Beeby /
PubMed 要旨Bacterial flagellar motility is controlled by the binding of CheY proteins to the cytoplasmic switch complex of the flagellar motor, resulting in changes in swimming speed or direction. Despite its ...Bacterial flagellar motility is controlled by the binding of CheY proteins to the cytoplasmic switch complex of the flagellar motor, resulting in changes in swimming speed or direction. Despite its importance for motor function, structural information about the interaction between effector proteins and the motor are scarce. To address this gap in knowledge, we used electron cryotomography and subtomogram averaging to visualize such interactions inside Caulobacter crescentus cells. In C. crescentus, several CheY homologs regulate motor function for different aspects of the bacterial lifestyle. We used subtomogram averaging to image binding of the CheY family protein CleD to the cytoplasmic Cring switch complex, the control center of the flagellar motor. This unambiguously confirmed the orientation of the motor switch protein FliM and the binding of a member of the CheY protein family to the outside rim of the C ring. We also uncovered previously unknown structural elaborations of the alphaproteobacterial flagellar motor, including two novel periplasmic ring structures, and the stator ring harboring eleven stator units, adding to our growing catalog of bacterial flagellar diversity.
リンクMol Microbiol / PubMed:32449846 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度82.0 - 110.0 Å
構造データ

EMDB-10943:
In situ structure of the Caulobacter crescentus flagellar motor and visualization of binding of a CheY-homolog
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 82.0 Å

EMDB-10945:
In situ structure of the Caulobacter crescentus flagellar motor and visualization of binding of a CheY-homolog
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 82.0 Å

EMDB-10949:
In situ structure of the Caulobacter crescentus flagellar motor and visualization of binding of a CheY-homolog
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 82.0 Å

EMDB-10950:
In situ structure of the Caulobacter crescentus flagellar motor and visualization of binding of a CheY-homolog
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 100.0 Å

EMDB-10955:
In situ structure of the Caulobacter crescentus flagellar motor and visualization of binding of a CheY-homolog
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 110.0 Å

EMDB-10956:
In situ structure of the Caulobacter crescentus flagellar motor and visualization of binding of a CheY-homolog
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 110.0 Å

EMDB-10957:
In situ structure of the Caulobacter crescentus flagellar motor and visualization of binding of a CheY-homolog
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 110.0 Å

由来
  • Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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