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タイトルRcf2 revealed in cryo-EM structures of hypoxic isoforms of mature mitochondrial III-IV supercomplexes.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 117, Issue 17, Page 9329-9337, Year 2020
掲載日2020年4月28日
著者Andrew M Hartley / Brigitte Meunier / Nikos Pinotsis / Amandine Maréchal /
PubMed 要旨The organization of the mitochondrial electron transport chain proteins into supercomplexes (SCs) is now undisputed; however, their assembly process, or the role of differential expression isoforms, ...The organization of the mitochondrial electron transport chain proteins into supercomplexes (SCs) is now undisputed; however, their assembly process, or the role of differential expression isoforms, remain to be determined. In , cytochrome oxidase (CIV) forms SCs of varying stoichiometry with cytochrome (CIII). Recent studies have revealed, in normoxic growth conditions, an interface made exclusively by Cox5A, the only yeast respiratory protein that exists as one of two isoforms depending on oxygen levels. Here we present the cryo-EM structures of the III-IV and III-IV SCs containing the hypoxic isoform Cox5B solved at 3.4 and 2.8 Å, respectively. We show that the change of isoform does not affect SC formation or activity, and that SC stoichiometry is dictated by the level of CIII/CIV biosynthesis. Comparison of the CIV- and CIV-containing SC structures highlighted few differences, found mainly in the region of Cox5. Additional density was revealed in all SCs, independent of the CIV isoform, in a pocket formed by Cox1, Cox3, Cox12, and Cox13, away from the CIII-CIV interface. In the CIV-containing hypoxic SCs, this could be confidently assigned to the hypoxia-induced gene 1 (Hig1) type 2 protein Rcf2. With conserved residues in mammalian Hig1 proteins and Cox3/Cox12/Cox13 orthologs, we propose that Hig1 type 2 proteins are stoichiometric subunits of CIV, at least when within a III-IV SC.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:32291341 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.41 Å
構造データ

EMDB-10317:
Complex III of the III2-IV(5B)1 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

10318

6t15

EMDB-10318: Complex IV of the III2-IV5B1 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
PDB-6t15: The III2-IV(5B)1 respiratory supercomplex from S. cerevisiae
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

EMDB-10334:
Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5B)-b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-10335:
CIV1 of the III2-IV5B2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae after focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

10340

6t0b

EMDB-10340, PDB-6t0b:
The III2-IV(5B)2 respiratory supercomplex from S. cerevisiae
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-10375:
Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-a)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-10376:
Complex IV in the III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex from S. cerevisiae (CIV(5A)-b)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

化合物

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-PCF:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-HEA:
HEME-A

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME C OXIDASE CYTOCHROME BC1 MITOCHONDRIA RESPIRATORY CHAIN SUPERCOMPLEX / ELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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