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タイトルSymmetry mismatch in the MS-ring of the bacterial flagellar rotor explains the structural coordination of secretion and rotation.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 5, Issue 7, Page 966-975, Year 2020
掲載日2020年4月13日
著者Steven Johnson / Yu Hang Fong / Justin C Deme / Emily J Furlong / Lucas Kuhlen / Susan M Lea /
PubMed 要旨The bacterial flagellum is a complex self-assembling nanomachine that confers motility to the cell. Despite great variation across species, all flagella are ultimately constructed from a helical ...The bacterial flagellum is a complex self-assembling nanomachine that confers motility to the cell. Despite great variation across species, all flagella are ultimately constructed from a helical propeller that is attached to a motor embedded in the inner membrane. The motor consists of a series of stator units surrounding a central rotor made up of two ring complexes, the MS-ring and the C-ring. Despite many studies, high-resolution structural information is still lacking for the MS-ring of the rotor, and proposed mismatches in stoichiometry between the two rings have long provided a source of confusion for the field. Here, we present structures of the Salmonella MS-ring, revealing a high level of variation in inter- and intrachain symmetry that provides a structural explanation for the ability of the MS-ring to function as a complex and elegant interface between the two main functions of the flagellum-protein secretion and rotation.
リンクNat Microbiol / PubMed:32284565 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 4.5 Å
構造データ

EMDB-10143, PDB-6scn:
33mer structure of the Salmonella flagella MS-ring protein FliF
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-10145, PDB-6sd1:
Structure of the RBM3/collar region of the Salmonella flagella MS-ring protein FliF with 33-fold symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-10146, PDB-6sd2:
Structure of the RBM2inner region of the Salmonella flagella MS-ring protein FliF with 21-fold symmetry applied.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-10147, PDB-6sd3:
34mer structure of the Salmonella flagella MS-ring protein FliF
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-10148, PDB-6sd4:
Structure of the RBM3/collar region of the Salmonella flagella MS-ring protein FliF with 34-fold symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-10149, PDB-6sd5:
Structure of the RBM2 inner ring of Salmonella flagella MS-ring protein FliF with 22-fold symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-10560, PDB-6tre:
Structure of the RBM3/collar region of the Salmonella flagella MS-ring protein FliF with 32-fold symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-10561:
Structure of the RBM3/collar region of the Salmonella flagella MS-ring protein FliF with 35-fold symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

由来
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium (サルモネラ菌)
  • salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
キーワードMOTOR PROTEIN / Flagella / Secretion / Rotor / MS-ring / C-ring / T3SS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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