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タイトルDistinct pre-initiation steps in human mitochondrial translation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 2932, Year 2020
掲載日2020年6月10日
著者Anas Khawaja / Yuzuru Itoh / Cristina Remes / Henrik Spåhr / Olessya Yukhnovets / Henning Höfig / Alexey Amunts / Joanna Rorbach /
PubMed 要旨Translation initiation in human mitochondria relies upon specialized mitoribosomes and initiation factors, mtIF2 and mtIF3, which have diverged from their bacterial counterparts. Here we report two ...Translation initiation in human mitochondria relies upon specialized mitoribosomes and initiation factors, mtIF2 and mtIF3, which have diverged from their bacterial counterparts. Here we report two distinct mitochondrial pre-initiation assembly steps involving those factors. Single-particle cryo-EM revealed that in the first step, interactions between mitochondria-specific protein mS37 and mtIF3 keep the small mitoribosomal subunit in a conformation favorable for a subsequent accommodation of mtIF2 in the second step. Combination with fluorescence cross-correlation spectroscopy analyses suggests that mtIF3 promotes complex assembly without mRNA or initiator tRNA binding, where exclusion is achieved by the N-terminal and C-terminal domains of mtIF3. Finally, the association of large mitoribosomal subunit is required for initiator tRNA and leaderless mRNA recruitment to form a stable initiation complex. These data reveal fundamental aspects of mammalian protein synthesis that are specific to mitochondria.
リンクNat Commun / PubMed:32522994 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.85 - 3.38 Å
構造データ

10021

6rw4

EMDB-10021, PDB-6rw4:
Structure of human mitochondrial 28S ribosome in complex with mitochondrial IF3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

10022

6rw5

EMDB-10022, PDB-6rw5:
Structure of human mitochondrial 28S ribosome in complex with mitochondrial IF2 and IF3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

EMDB-10023:
Mitochondrial 28S ribosome with IF3 (masked refined the body core)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-10024:
Mitochondrial 28S ribosome with IF3 (masked refined the head core)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-10025:
Mitochondrial 28S ribosome with IF3 (masked refined the tail)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

EMDB-10026:
Mitochondrial 28S ribosome with IF3 (masked refined mS39)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-10027:
Mitochondrial 28S ribosome with IF3 (masked refined IF3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-10028:
Mitochondrial 28S ribosome with IF2 and IF3 (masked refined the body core)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-10029:
Mitochondrial 28S ribosome with IF2 and IF3 (masked refined the head core)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-10030:
Mitochondrial 28S ribosome with IF2 and IF3 (masked refined the tail)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-10031:
Mitochondrial 28S ribosome with IF2 and IF3 (masked refined mS39)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-10032:
Mitochondrial 28S ribosome with IF2 and IF3 (masked refined IF2 and IF3-CTD)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン / スペルミン

ChemComp-SRY:
STREPTOMYCIN / ストレプトマイシン / 薬剤, 抗生剤*YM / ストレプトマイシン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM / 5'-Guanylyl imidodiphosphate

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosomal small subunit (リボソーム) / initiation complex (イニシエーション) / initiation factor 3 / mitochondria (ミトコンドリア) / initiation factor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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