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タイトルStructural basis for selective stalling of human ribosome nascent chain complexes by a drug-like molecule.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 26, Issue 6, Page 501-509, Year 2019
掲載日2019年6月3日
著者Wenfei Li / Fred R Ward / Kim F McClure / Stacey Tsai-Lan Chang / Elizabeth Montabana / Spiros Liras / Robert G Dullea / Jamie H D Cate /
PubMed 要旨The drug-like molecule PF-06446846 (PF846) binds the human ribosome and selectively blocks the translation of a small number of proteins by an unknown mechanism. In structures of PF846-stalled human ...The drug-like molecule PF-06446846 (PF846) binds the human ribosome and selectively blocks the translation of a small number of proteins by an unknown mechanism. In structures of PF846-stalled human ribosome nascent chain complexes, PF846 binds in the ribosome exit tunnel in a eukaryotic-specific pocket formed by 28S ribosomal RNA, and alters the path of the nascent polypeptide chain. PF846 arrests the translating ribosome in the rotated state of translocation, in which the peptidyl-transfer RNA 3'-CCA end is improperly docked in the peptidyl transferase center. Selections of messenger RNAs from mRNA libraries using translation extracts reveal that PF846 can stall translation elongation, arrest termination or even enhance translation, depending on nascent chain sequence context. These results illuminate how a small molecule selectively targets translation by the human ribosome, and provides a foundation for developing small molecules that modulate the production of proteins of therapeutic interest.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:31160784 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 4.7 Å
構造データ

0526

6oli

EMDB-0526: Structure of drug-like molecule stalled USO1 ribosome nascent chain complex (human)
PDB-6oli: Structure of human ribosome nascent chain complex selectively stalled by a drug-like small molecule (USO1-RNC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

0596

6om0

EMDB-0596: Structure of a drug-like molecule stalled PCSK9 ribosome nascent chain complex (PCSK9-RNC) with AP tRNA and PE tRNA
PDB-6om0: Human ribosome nascent chain complex (PCSK9-RNC) stalled by a drug-like molecule with AP and PE tRNAs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

0597

6om7

EMDB-0597: Structure of a drug-like molecule stalled ribosome nascent chain complex (PCSK9-RNC) in rotated state with AA tRAN and PE tRNA
PDB-6om7: Human ribosome nascent chain complex (PCSK9-RNC) stalled by a drug-like small molecule with AA and PE tRNAs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

0598

6olz

EMDB-0598: Structure of a drug-like molecule stalled ribosome nascent chain complex (PCSK9_RNC) in non-rotated state with PP tRNA
PDB-6olz: Human ribosome nascent chain complex (PCSK9-RNC) stalled by a drug-like molecule with PP tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

0599

6olf

EMDB-0599: Structure of a drug-like molecule stalled CDH1 ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) in rotated state with AA tRNA and PE tRNA
PDB-6olf: Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with AA and PE tRNAs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

0600

6ole

EMDB-0600: Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with AP tRNA and PE tRNA
PDB-6ole: Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with AP and PE tRNAs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

0601

6olg

EMDB-0601: Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with PP tRNA
PDB-6olg: Human ribosome nascent chain complex stalled by a drug-like small molecule (CDH1_RNC with PP tRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-20134:
Structure of a drug-like molecule stalled PCSK9 ribosome nascent chain complex (PCSK9-RNC) with AP tRNA and PE tRNA (sample prepared with a short incubation time)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-20135:
Structure of a drug-like molecule stalled PCSK9 ribosome nascent chain complex (PCSK9-RNC) with PP tRNA (sample prepared with a short incubation time)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MVM:
N-(3-chloropyridin-2-yl)-N-[(3R)-piperidin-3-yl]-4-(3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-3-yl)benzamide

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / selective stalling / drug-like molecule / human ribosome nascent chain complex / drug-like small molecule

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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