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タイトルStructure of amyloid-β (20-34) with Alzheimer's-associated isomerization at Asp23 reveals a distinct protofilament interface.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 3357, Year 2019
掲載日2019年7月26日
著者Rebeccah A Warmack / David R Boyer / Chih-Te Zee / Logan S Richards / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Tamir Gonen / David S Eisenberg / Steven G Clarke /
PubMed 要旨Amyloid-β (Aβ) harbors numerous posttranslational modifications (PTMs) that may affect Alzheimer's disease (AD) pathogenesis. Here we present the 1.1 Å resolution MicroED structure of an Aβ 20- ...Amyloid-β (Aβ) harbors numerous posttranslational modifications (PTMs) that may affect Alzheimer's disease (AD) pathogenesis. Here we present the 1.1 Å resolution MicroED structure of an Aβ 20-34 fibril with and without the disease-associated PTM, L-isoaspartate, at position 23 (L-isoAsp23). Both wild-type and L-isoAsp23 protofilaments adopt β-helix-like folds with tightly packed cores, resembling the cores of full-length fibrillar Aβ structures, and both self-associate through two distinct interfaces. One of these is a unique Aβ interface strengthened by the isoaspartyl modification. Powder diffraction patterns suggest a similar structure may be adopted by protofilaments of an analogous segment containing the heritable Iowa mutation, Asp23Asn. Consistent with its early onset phenotype in patients, Asp23Asn accelerates aggregation of Aβ 20-34, as does the L-isoAsp23 modification. These structures suggest that the enhanced amyloidogenicity of the modified Aβ segments may also reduce the concentration required to achieve nucleation and therefore help spur the pathogenesis of AD.
リンクNat Commun / PubMed:31350392 / PubMed Central
手法EM (電子線結晶学)
解像度1.05 - 1.1 Å
構造データ

0405

6nb9

EMDB-0405, PDB-6nb9:
Amyloid-Beta (20-34) with L-isoaspartate 23
手法: EM (電子線結晶学)

20082

6oiz

EMDB-20082, PDB-6oiz:
Amyloid-Beta (20-34) wild type
手法: EM (電子線結晶学)

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN FIBRIL / protofilament / 2 sub 1 screw symmetry / post-translational modification / isoaspartate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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