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タイトルStructural insights into influenza A virus ribonucleoproteins reveal a processive helical track as transcription mechanism.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 5, Issue 5, Page 727-734, Year 2020
掲載日2020年3月9日
著者Rocío Coloma / Rocío Arranz / José M de la Rosa-Trevín / Carlos O S Sorzano / Sandie Munier / Diego Carlero / Nadia Naffakh / Juan Ortín / Jaime Martín-Benito /
PubMed 要旨The influenza virus genome consists of eight viral ribonucleoproteins (vRNPs), each consisting of a copy of the polymerase, one of the genomic RNA segments and multiple copies of the nucleoprotein ...The influenza virus genome consists of eight viral ribonucleoproteins (vRNPs), each consisting of a copy of the polymerase, one of the genomic RNA segments and multiple copies of the nucleoprotein arranged in a double helical conformation. vRNPs are macromolecular machines responsible for messenger RNA synthesis and genome replication, that is, the formation of progeny vRNPs. Here, we describe the structural basis of the transcription process. The mechanism, which we call the 'processive helical track', is based on the extreme flexibility of the helical part of the vRNP that permits a sliding movement between both antiparallel nucleoprotein-RNA strands, thereby allowing the polymerase to move over the genome while bound to both RNA ends. Accordingly, we demonstrate that blocking this movement leads to inhibition of vRNP transcriptional activity. This mechanism also reveals a critical role of the nucleoprotein in maintaining the double helical structure throughout the copying process to make the RNA template accessible to the polymerase.
リンクNat Microbiol / PubMed:32152587
手法EM (らせん対称)
解像度10.0 - 24.0 Å
構造データ

EMDB-0175: Helical part of the influenza A virus ribonucleoprotein. Conformation 1.
PDB-6h9g: Influenza A nucleoprotein docked into 3D helical structure of the wild type ribonucleoprotein complex obtained using cryoEM. Conformation 1.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 11.0 Å

EMDB-4412: Helical part of the influenza A virus ribonucleoprotein. Conformation 2.
PDB-6i54: Influenza A nucleoprotein docked into 3D helical structure of the wild type ribonucleoprotein complex obtained using cryoEM. Conformation 2.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-4423: Helical part of the influenza A virus ribonucleoprotein. Conformation 3.
PDB-6i7b: Influenza A nucleoprotein docked into 3D helical structure of the wild type ribonucleoprotein complex obtained using cryoEM. Conformation 3.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-4426: Helical part of the influenza A virus ribonucleoprotein. Conformation 4.
PDB-6i7m: Influenza A nucleoprotein docked into 3D helical structure of the wild type ribonucleoprotein complex obtained using cryoEM. Conformation 4.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-4430: Helical part of the influenza A virus ribonucleoprotein. Conformation 5.
PDB-6i85: Influenza A nucleoprotein docked into the 3D helical structure of the wild type ribonucleoprotein complex obtained using cryoEM. Conformation 5.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 24.0 Å

由来
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (strain a/wilson-smith/1933 h1n1) (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (a/wilson-smith/1933(h1n1)) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza A virus Ribonucleoprotein RNA binding protein / Influenza A virus / Ribonucleoprotein / RNA binding protein / RNA binding protein.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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