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タイトルCryo-EM Structures of MDA5-dsRNA Filaments at Different Stages of ATP Hydrolysis.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 72, Issue 6, Page 999-1012.e6, Year 2018
掲載日2018年12月20日
著者Qin Yu / Kun Qu / Yorgo Modis /
PubMed 要旨Double-stranded RNA (dsRNA) is a potent proinflammatory signature of viral infection. Long cytosolic dsRNA is recognized by MDA5. The cooperative assembly of MDA5 into helical filaments on dsRNA ...Double-stranded RNA (dsRNA) is a potent proinflammatory signature of viral infection. Long cytosolic dsRNA is recognized by MDA5. The cooperative assembly of MDA5 into helical filaments on dsRNA nucleates the assembly of a multiprotein type I interferon signaling platform. Here, we determined cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of MDA5-dsRNA filaments with different helical twists and bound nucleotide analogs at resolutions sufficient to build and refine atomic models. The structures identify the filament-forming interfaces, which encode the dsRNA binding cooperativity and length specificity of MDA5. The predominantly hydrophobic interface contacts confer flexibility, reflected in the variable helical twist within filaments. Mutation of filament-forming residues can result in loss or gain of signaling activity. Each MDA5 molecule spans 14 or 15 RNA base pairs, depending on the twist. Variations in twist also correlate with variations in the occupancy and type of nucleotide in the active site, providing insights on how ATP hydrolysis contributes to MDA5-dsRNA recognition.
リンクMol Cell / PubMed:30449722 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.68 - 4.16 Å
構造データ

EMDB-0012, PDB-6gjz:
CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament in complex with AMPPNP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.06 Å

EMDB-0023, PDB-6gkh:
CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament in complex with ADP-AlF4
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.06 Å

EMDB-0024, PDB-6gkm:
CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament in complex with ATP (10 mM)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.87 Å

EMDB-0143, PDB-6h61:
CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament with 89 degree twist and without nucleotide
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.02 Å

EMDB-0145, PDB-6h66:
CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament with 93 degree twist and without nucleotide
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.16 Å

EMDB-4338, PDB-6g19:
CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament with 74-degree helical twist
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.68 Å

EMDB-4340, PDB-6g1s:
CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament with 87-degree helical twist
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.93 Å

EMDB-4341, PDB-6g1x:
CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament with 91-degree helical twist
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.93 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
  • pseudomonas phage phi6 (ファージ)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Protein-RNA complex / helical filament / ATPase / innate immune receptor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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