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タイトルStructure of the metastatic factor P-Rex1 reveals a two-layered autoinhibitory mechanism.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 8, Page 767-773, Year 2022
掲載日2022年7月21日
著者Yong-Gang Chang / Christopher J Lupton / Charles Bayly-Jones / Alastair C Keen / Laura D'Andrea / Christina M Lucato / Joel R Steele / Hari Venugopal / Ralf B Schittenhelm / James C Whisstock / Michelle L Halls / Andrew M Ellisdon /
PubMed 要旨P-Rex (PI(3,4,5)P-dependent Rac exchanger) guanine nucleotide exchange factors potently activate Rho GTPases. P-Rex guanine nucleotide exchange factors are autoinhibited, synergistically activated by ...P-Rex (PI(3,4,5)P-dependent Rac exchanger) guanine nucleotide exchange factors potently activate Rho GTPases. P-Rex guanine nucleotide exchange factors are autoinhibited, synergistically activated by Gβγ and PI(3,4,5)P binding and dysregulated in cancer. Here, we use X-ray crystallography, cryogenic electron microscopy and crosslinking mass spectrometry to determine the structural basis of human P-Rex1 autoinhibition. P-Rex1 has a bipartite structure of N- and C-terminal modules connected by a C-terminal four-helix bundle that binds the N-terminal Pleckstrin homology (PH) domain. In the N-terminal module, the Dbl homology (DH) domain catalytic surface is occluded by the compact arrangement of the DH-PH-DEP1 domains. Structural analysis reveals a remarkable conformational transition to release autoinhibition, requiring a 126° opening of the DH domain hinge helix. The off-axis position of Gβγ and PI(3,4,5)P binding sites further suggests a counter-rotation of the P-Rex1 halves by 90° facilitates PH domain uncoupling from the four-helix bundle, releasing the autoinhibited DH domain to drive Rho GTPase signaling.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:35864164 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.22 - 4.4 Å
構造データ

25524

7syf

EMDB-25524, PDB-7syf:
Reconstruction of full-length Prex-1 (PtdIns(3,4,5)P3-dependent Rac Exchanger 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-25525: Localised reconstruction of the N-terminal half of P-Rex1 (PI(3,4,5)P3-dependent Rac Exchanger 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-25526: Localised reconstruction of the C-terminal half of P-Rex 1 (PI(3,4,5)P3-dependent Rac Exchanger 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

PDB-7rx9:
Structure of autoinhibited P-Rex1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.22 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / P-Rex1 / P-Rex2 / GEF / cell growth / Rac1 (RAC1) / Cdc42 / ONCOPROTEIN (がん遺伝子) / guanine nucleotide exchange factor (グアニンヌクレオチド交換因子) / metastasis / plasma membrane (細胞膜) / Rho GTPase signalling

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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