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Structure paper

タイトルStructural and functional properties of a magnesium transporter of the SLC11/NRAMP family.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 11, Year 2022
掲載日2022年1月10日
著者Karthik Ramanadane / Monique S Straub / Raimund Dutzler / Cristina Manatschal /
PubMed 要旨Members of the ubiquitous SLC11/NRAMP family catalyze the uptake of divalent transition metal ions into cells. They have evolved to efficiently select these trace elements from a large pool of Ca and ...Members of the ubiquitous SLC11/NRAMP family catalyze the uptake of divalent transition metal ions into cells. They have evolved to efficiently select these trace elements from a large pool of Ca and Mg, which are both orders of magnitude more abundant, and to concentrate them in the cytoplasm aided by the cotransport of H serving as energy source. In the present study, we have characterized a member of a distant clade of the family found in prokaryotes, termed NRMTs, that were proposed to function as transporters of Mg. The protein transports Mg and Mn but not Ca by a mechanism that is not coupled to H. Structures determined by cryo-EM and X-ray crystallography revealed a generally similar protein architecture compared to classical NRAMPs, with a restructured ion binding site whose increased volume provides suitable interactions with ions that likely have retained much of their hydration shell.
リンクElife / PubMed:35001872 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.5 - 4.6 Å
構造データ

13985

7qia

EMDB-13985: Cryo-EM map of apo-EleNRMT in complex with two nanobodies at 3.5A
PDB-7qia: Structure of apo-EleNRMT in complex with two nanobodies at 3.5A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

13987

7qic

EMDB-13987: Cryo-EM map of magnesium-bound EleNRMT in complex with two nanobodies at 4.1A
PDB-7qic: Structure of magnesium-bound EleNRMT in complex with two nanobodies at 4.1A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

PDB-7qji:
X-Ray Structure of apo-EleNRMT in complex with two Nanobodies at 4.1A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.1 Å

PDB-7qjj:
X-Ray Structure of a Mn2+ soak of EleNRMT in complex with two Nanobodies at 4.6A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.6 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-MN:
Unknown entry

由来
  • eggerthella lenta (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
  • vicugna pacos (アルパカ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / SLC11 / Magnesium (マグネシウム) / LeuT fold / NRAMP-related Mg2+ transporter / Nanobody complex (ナノボディ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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