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タイトルDimeric and high-resolution structures of Chlamydomonas Photosystem I from a temperature-sensitive Photosystem II mutant.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 4, Issue 1, Page 1380, Year 2021
掲載日2021年12月9日
著者Ido Caspy / Tom Schwartz / Vinzenz Bayro-Kaiser / Mariia Fadeeva / Amit Kessel / Nir Ben-Tal / Nathan Nelson /
PubMed 要旨Water molecules play a pivotal functional role in photosynthesis, primarily as the substrate for Photosystem II (PSII). However, their importance and contribution to Photosystem I (PSI) activity ...Water molecules play a pivotal functional role in photosynthesis, primarily as the substrate for Photosystem II (PSII). However, their importance and contribution to Photosystem I (PSI) activity remains obscure. Using a high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) PSI structure from a Chlamydomonas reinhardtii temperature-sensitive photoautotrophic PSII mutant (TSP4), a conserved network of water molecules - dating back to cyanobacteria - was uncovered, mainly in the vicinity of the electron transport chain (ETC). The high-resolution structure illustrated that the water molecules served as a ligand in every chlorophyll that was missing a fifth magnesium coordination in the PSI core and in the light-harvesting complexes (LHC). The asymmetric distribution of the water molecules near the ETC branches modulated their electrostatic landscape, distinctly in the space between the quinones and FX. The data also disclosed the first observation of eukaryotic PSI oligomerisation through a low-resolution PSI dimer that was comprised of PSI-10LHC and PSI-8LHC.
リンクCommun Biol / PubMed:34887518 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.54 - 17.1 Å
構造データ

12180

7bgi

EMDB-12180, PDB-7bgi:
Photosystem I of a temperature sensitive mutant Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

12227

7blx

EMDB-12227, PDB-7blx:
Photosystem I of a temperature sensitive mutant Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

12672

7o01

EMDB-12672, PDB-7o01:
Dimeric Photosystem I of a temperature sensitive mutant Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.1 Å

化合物

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

ChemComp-NKP:
(2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate / 1-オレオイルリゾホスファチジン酸

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-OCA:
OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸 / カプリル酸

ChemComp-DAO:
LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル / ジアシルグリセロール

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-T7X:
Phosphatidylinositol / ホスファチジルイノシトール

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン / Β-クリプトキサンチン

ChemComp-C7Z:
(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE / スフィンゴシン

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

ChemComp-QTB:
(3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸 / ホスファチジン酸

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

ChemComp-LPX:
(2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
  • Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / chlamydomonas (クラミドモナス) / photosystem I (光化学系I) / temperature sensitive / water molecules (水の性質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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