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タイトルHeterogeneity in E. coli RecBCD Helicase-DNA Binding and Base Pair Melting.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 433, Issue 18, Page 167147, Year 2021
掲載日2021年9月3日
著者Linxuan Hao / Rui Zhang / Timothy M Lohman /
PubMed 要旨E. coli RecBCD, a helicase/nuclease involved in double stranded (ds) DNA break repair, binds to a dsDNA end and melts out several DNA base pairs (bp) using only its binding free energy. We examined ...E. coli RecBCD, a helicase/nuclease involved in double stranded (ds) DNA break repair, binds to a dsDNA end and melts out several DNA base pairs (bp) using only its binding free energy. We examined RecBCD-DNA initiation complexes using thermodynamic and structural approaches. Measurements of enthalpy changes for RecBCD binding to DNA ends possessing pre-melted ssDNA tails of increasing length suggest that RecBCD interacts with ssDNA as long as 17-18 nucleotides and can melt at least 10-11 bp upon binding a blunt DNA end. Cryo-EM structures of RecBCD alone and in complex with a blunt-ended dsDNA show significant conformational heterogeneities associated with the RecB nuclease domain (RecB) and the RecD subunit. In the absence of DNA, 56% of RecBCD molecules show no density for the RecB nuclease domain, RecB, and all RecBCD molecules show only partial density for RecD. DNA binding reduces these conformational heterogeneities, with 63% of the molecules showing density for both RecD and RecB. This suggests that the RecB domain is dynamic and influenced by DNA binding. The major RecBCD-DNA structural class in which RecB is docked onto RecC shows melting of at least 11 bp from a blunt DNA end, much larger than previously observed. A second structural class in which RecB is not docked shows only four bp melted suggesting that RecBCD complexes transition between states with different extents of DNA melting and that the extent of melting regulates initiation of helicase activity.
リンクJ Mol Biol / PubMed:34246654 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 4.5 Å
構造データ

23952

7mr0

EMDB-23952, PDB-7mr0:
Cryo-EM structure of RecBCD with docked RecBNuc and flexible RecD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

23953

7mr1

EMDB-23953, PDB-7mr1:
Cryo-EM structure of RecBCD with undocked RecBNuc and flexible RecD C-terminus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

23954

7mr2

EMDB-23954, PDB-7mr2:
Cryo-EM structure of RecBCD with undocked RecBNuc and flexible RecD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

23955

7mr3

EMDB-23955, PDB-7mr3:
Cryo-EM structure of RecBCD-DNA complex with docked RecBNuc and stabilized RecD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

23956

7mr4

EMDB-23956, PDB-7mr4:
Cryo-EM structure of RecBCD-DNA complex with undocked RecBNuc and flexible RecD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

由来
  • escherichia coli k12 (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SF1 helicase / complex / DNA repair (DNA修復) / motor protein (モータータンパク質) / HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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