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Structure paper

タイトルThe final step of 40S ribosomal subunit maturation is controlled by a dual key lock.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 10, Year 2021
掲載日2021年4月28日
著者Laura Plassart / Ramtin Shayan / Christian Montellese / Dana Rinaldi / Natacha Larburu / Carole Pichereaux / Carine Froment / Simon Lebaron / Marie-Françoise O'Donohue / Ulrike Kutay / Julien Marcoux / Pierre-Emmanuel Gleizes / Celia Plisson-Chastang /
PubMed 要旨Preventing premature interaction of pre-ribosomes with the translation apparatus is essential for translational accuracy. Hence, the final maturation step releasing functional 40S ribosomal subunits, ...Preventing premature interaction of pre-ribosomes with the translation apparatus is essential for translational accuracy. Hence, the final maturation step releasing functional 40S ribosomal subunits, namely processing of the 18S ribosomal RNA 3' end, is safeguarded by the protein DIM2, which both interacts with the endoribonuclease NOB1 and masks the rRNA cleavage site. To elucidate the control mechanism that unlocks NOB1 activity, we performed cryo-electron microscopy analysis of late human pre-40S particles purified using a catalytically inactive form of the ATPase RIO1. These structures, together with in vivo and in vitro functional analyses, support a model in which ATP-loaded RIO1 cooperates with ribosomal protein RPS26/eS26 to displace DIM2 from the 18S rRNA 3' end, thereby triggering final cleavage by NOB1; release of ADP then leads to RIO1 dissociation from the 40S subunit. This dual key lock mechanism requiring RIO1 and RPS26 guarantees the precise timing of pre-40S particle conversion into translation-competent ribosomal subunits.
リンクElife / PubMed:33908345 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.3 Å
構造データ

11440

6zuo

EMDB-11440, PDB-6zuo:
Human RIO1(kd)-StHA late pre-40S particle, structural state A (pre 18S rRNA cleavage)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

11441

6zv6

EMDB-11441, PDB-6zv6:
Human RIO1(kd)-StHA late pre-40S particle, structural state B (post 18S rRNA cleavage)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-11442:
Human pre-40S particle purified using RIO1(kd)-StHA as bait - Structural State B, Body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-11443:
Human pre-40S particle purified using RIO1(kd)-StHA as bait - Structural State B, Head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-11444:
Human pre-40S particle purified using RIO1(kd)-StHA as bait - Structural state B, platform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-11445:
Human pre-40S particle purified using RIO1(kd)-StHA as bait - Structural state A, body
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

EMDB-11446:
Human pre-40S particle purified using RIO1(kd)-StHA as bait - Structural state A, head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

EMDB-11447:
Human pre-40S particle purified using RIO1(kd)-StHA as bait - Structural state A, platform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Human ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / small ribosomal subunit / rRNA processing

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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