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タイトルStructure of the Decorated Ciliary Doublet Microtubule.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 179, Issue 4, Page 909-922.e12, Year 2019
掲載日2019年10月31日
著者Meisheng Ma / Mihaela Stoyanova / Griffin Rademacher / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang /
PubMed 要旨The axoneme of motile cilia is the largest macromolecular machine of eukaryotic cells. In humans, impaired axoneme function causes a range of ciliopathies. Axoneme assembly, structure, and motility ...The axoneme of motile cilia is the largest macromolecular machine of eukaryotic cells. In humans, impaired axoneme function causes a range of ciliopathies. Axoneme assembly, structure, and motility require a radially arranged set of doublet microtubules, each decorated in repeating patterns with non-tubulin components. We use single-particle cryo-electron microscopy to visualize and build an atomic model of the repeating structure of a native axonemal doublet microtubule, which reveals the identities, positions, repeat lengths, and interactions of 38 associated proteins, including 33 microtubule inner proteins (MIPs). The structure demonstrates how these proteins establish the unique architecture of doublet microtubules, maintain coherent periodicities along the axoneme, and stabilize the microtubules against the repeated mechanical stress induced by ciliary motility. Our work elucidates the architectural principles that underpin the assembly of this large, repetitive eukaryotic structure and provides a molecular basis for understanding the etiology of human ciliopathies.
リンクCell / PubMed:31668805 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 4.0 Å
構造データ

EMDB-20631: Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii
PDB-6u42: Natively decorated ciliary doublet microtubule
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-20632:
Composite cryo-EM density map of half 1 of the 96-nm repeat of the doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-20633:
Composite cryo-EM density map of half 2 of the 96-nm repeat of the doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-20634:
Composite cryo-EM density map of protofilaments A07-A08 of the 48-nm repeat doublet microtubule (extended lattice)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

EMDB-20635:
Composite cryo-EM density map of protofilaments A07-A08 of the 48-nm repeat doublet microtubule (compact lattice)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

EMDB-20636:
Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat of the doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii rib72 mutant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-20637:
Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat of the doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii fap166 mutant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

由来
  • chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
キーワードPROTEIN FIBRIL / motile cilia / microtubule doublet / repetitive structure

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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