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タイトルStructures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 75, Issue 6, Page 1131-11146.e6, Year 2019
掲載日2019年9月19日
著者James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov /
PubMed 要旨The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs.
リンクMol Cell / PubMed:31492636 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 7.5 Å
構造データ

EMDB-4479, PDB-6q9b:
CI Membrane Arm focused refinement from Ovine respiratory SC I+III2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-4480, PDB-6q9d:
CI Peripheral Arm focused refinement from Ovine respiratory SC I+III2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-4481, PDB-6q9e:
Complex III2 focused refinement from Ovine respiratory supercomplex I+III2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-4482, PDB-6qa9:
Isolated complex I class refinement from Ovine respiratory supercomplex I+III2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-4493, PDB-6qbx:
Ovine respiratory supercomplex I+III2 closed class.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-4494, PDB-6qc2:
Ovine respiratory supercomplex I+III2 open class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-4495, PDB-6qc3:
Ovine respiratory supercomplex I+III2 open class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-4496, PDB-6qc4:
Ovine respiratory supercomplex I+III2 open class 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-4497, PDB-6qc5:
Ovine respiratory complex I FRC closed class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-4498, PDB-6qc6:
Ovine respiratory complex I FRC open class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-4499, PDB-6qc7:
Ovine respiratory complex I FRC open class 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-4500, PDB-6qc8:
Ovine respiratory complex I FRC open class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-4501, PDB-6qc9:
Ovine respiratory complex I FRC open class 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-4502, PDB-6qca:
Ovine respiratory complex I FRC open class 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-4505, PDB-6qcf:
Ovine respiratory complex I FRC open class 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-4506:
Ovine respiratory complex I FRC poor closed class
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7 Å

EMDB-4507:
Ovine respiratory complex I FRC poor open class
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

化合物

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / コエンザイムQ10 / ユビキノン

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

由来
  • ovis aries (ヒツジ)
  • Sheep (ヒツジ)
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / complex I (NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)) / membrane arm / cellular respiration / mitochondria (ミトコンドリア) / peripheral arm / complex III (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / supercomplex

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万見文献について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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