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Structure paper

タイトルStructural basis for the adsorption of a single-stranded RNA bacteriophage.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 3130, Year 2019
掲載日2019年7月16日
著者Ran Meng / Mengqiu Jiang / Zhicheng Cui / Jeng-Yih Chang / Kailu Yang / Joanita Jakana / Xinzhe Yu / Zhao Wang / Bo Hu / Junjie Zhang /
PubMed 要旨Single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) infect Gram-negative bacteria via a single maturation protein (Mat), which attaches to a retractile pilus of the host. Here we present structures of ...Single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) infect Gram-negative bacteria via a single maturation protein (Mat), which attaches to a retractile pilus of the host. Here we present structures of the ssRNA phage MS2 in complex with the Escherichia coli F-pilus, showing a network of hydrophobic and electrostatic interactions at the Mat-pilus interface. Moreover, binding of the pilus induces slight orientational variations of the Mat relative to the rest of the phage capsid, priming the Mat-connected genomic RNA (gRNA) for its release from the virions. The exposed tip of the attached Mat points opposite to the direction of the pilus retraction, which may facilitate the translocation of the gRNA from the capsid into the host cytosol. In addition, our structures determine the orientation of the assembled F-pilin subunits relative to the cell envelope, providing insights into the F-like type IV secretion systems.
リンクNat Commun / PubMed:31311931 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度5.0 - 32.3 Å
構造データ

EMDB-0338:
MS2 / F-pilus complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 32.3 Å

EMDB-0448:
F-pilus/MS2 complex (Class 2 map with genome masked out)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-0450:
F-pilus/MS2 complex (Class 3 map with genome masked out)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-0451:
Enterobacteria phage MS2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-0453:
F-pilus/MS2 complex (all particles map with genome masked out)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

9397

6nm5

EMDB-9397, PDB-6nm5:
F-pilus/MS2 Maturation protein complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-9399:
F-pilus/MS2 complex (Class 1 map with genome masked out)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

化合物

ChemComp-KSV:
(2R)-2,3-dihydroxypropyl ethyl hydrogen (S)-phosphate / O-(L-グリセロ-3-ホスホ)エタノ-ル

由来
  • Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
  • enterobacteria phage ms2 (ファージ)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / MS2 maturation protein / F-pilus / adsorption complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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