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Structure paper

タイトルDNA damage detection in nucleosomes involves DNA register shifting.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 571, Issue 7763, Page 79-84, Year 2019
掲載日2019年5月29日
著者Syota Matsumoto / Simone Cavadini / Richard D Bunker / Ralph S Grand / Alessandro Potenza / Julius Rabl / Junpei Yamamoto / Andreas D Schenk / Dirk Schübeler / Shigenori Iwai / Kaoru Sugasawa / Hitoshi Kurumizaka / Nicolas H Thomä /
PubMed 要旨Access to DNA packaged in nucleosomes is critical for gene regulation, DNA replication and DNA repair. In humans, the UV-damaged DNA-binding protein (UV-DDB) complex detects UV-light-induced ...Access to DNA packaged in nucleosomes is critical for gene regulation, DNA replication and DNA repair. In humans, the UV-damaged DNA-binding protein (UV-DDB) complex detects UV-light-induced pyrimidine dimers throughout the genome; however, it remains unknown how these lesions are recognized in chromatin, in which nucleosomes restrict access to DNA. Here we report cryo-electron microscopy structures of UV-DDB bound to nucleosomes bearing a 6-4 pyrimidine-pyrimidone dimer or a DNA-damage mimic in various positions. We find that UV-DDB binds UV-damaged nucleosomes at lesions located in the solvent-facing minor groove without affecting the overall nucleosome architecture. In the case of buried lesions that face the histone core, UV-DDB changes the predominant translational register of the nucleosome and selectively binds the lesion in an accessible, exposed position. Our findings explain how UV-DDB detects occluded lesions in strongly positioned nucleosomes, and identify slide-assisted site exposure as a mechanism by which high-affinity DNA-binding proteins can access otherwise occluded sites in nucleosomal DNA.
リンクNature / PubMed:31142837 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.8 Å
構造データ

4762

6r8y

EMDB-4762, PDB-6r8y:
Cryo-EM structure of NCP-6-4PP(-1)-UV-DDB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

4763

6r8z

EMDB-4763, PDB-6r8z:
Cryo-EM structure of NCP_THF2(-1)-UV-DDB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

4764

6r90

EMDB-4764, PDB-6r90:
Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

4765

6r91

EMDB-4765, PDB-6r91:
Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3)-UV-DDB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

4766

6r92

EMDB-4766, PDB-6r92:
Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

4767

6r93

EMDB-4767, PDB-6r93:
Cryo-EM structure of NCP-6-4PP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

4768

6r94

EMDB-4768, PDB-6r94:
Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA damage (DNA修復) / Nucleosome (ヌクレオソーム) / 6-4 photoproduct / THF2 photoproduct / DNA (デオキシリボ核酸)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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