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タイトルDNA damage detection in nucleosomes involves DNA register shifting.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 571, Issue 7763, Page 79-84, Year 2019
掲載日2019年5月29日
著者Syota Matsumoto / Simone Cavadini / Richard D Bunker / Ralph S Grand / Alessandro Potenza / Julius Rabl / Junpei Yamamoto / Andreas D Schenk / Dirk Schübeler / Shigenori Iwai / Kaoru Sugasawa / Hitoshi Kurumizaka / Nicolas H Thomä /
PubMed 要旨Access to DNA packaged in nucleosomes is critical for gene regulation, DNA replication and DNA repair. In humans, the UV-damaged DNA-binding protein (UV-DDB) complex detects UV-light-induced ...Access to DNA packaged in nucleosomes is critical for gene regulation, DNA replication and DNA repair. In humans, the UV-damaged DNA-binding protein (UV-DDB) complex detects UV-light-induced pyrimidine dimers throughout the genome; however, it remains unknown how these lesions are recognized in chromatin, in which nucleosomes restrict access to DNA. Here we report cryo-electron microscopy structures of UV-DDB bound to nucleosomes bearing a 6-4 pyrimidine-pyrimidone dimer or a DNA-damage mimic in various positions. We find that UV-DDB binds UV-damaged nucleosomes at lesions located in the solvent-facing minor groove without affecting the overall nucleosome architecture. In the case of buried lesions that face the histone core, UV-DDB changes the predominant translational register of the nucleosome and selectively binds the lesion in an accessible, exposed position. Our findings explain how UV-DDB detects occluded lesions in strongly positioned nucleosomes, and identify slide-assisted site exposure as a mechanism by which high-affinity DNA-binding proteins can access otherwise occluded sites in nucleosomal DNA.
リンクPubMed:31142837 / Publisher's page
キーワードCryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / DDB1 protein, human / DDB2 protein, human / DNA (デオキシリボ核酸) / DNA Damage (DNA修復) / DNA-Binding Proteins (DNA結合タンパク質) / Histones (ヒストン) / Humans (ヒト) / Models, Molecular / Nucleosomes (ヌクレオソーム) / Pyrimidine Dimers / Thermodynamics (熱力学) / Ultraviolet Rays / pyrimidine-pyrimidone dimer / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Nucleosome (ヌクレオソーム) / 6-4 photoproduct / THF2 photoproduct
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.8 A
構造データ

EMDB-4762:
Cryo-EM structure of NCP-6-4PP(-1)-UV-DDB

EMDB-4763:
Cryo-EM structure of NCP_THF2(-1)-UV-DDB

EMDB-4764:
Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class A

EMDB-4765:
Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3)-UV-DDB

EMDB-4766:
Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class B

EMDB-4767:
Cryo-EM structure of NCP-6-4PP

EMDB-4768:
Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3)

PDB-6r8y:
Cryo-EM structure of NCP-6-4PP(-1)-UV-DDB

PDB-6r8z:
Cryo-EM structure of NCP_THF2(-1)-UV-DDB

PDB-6r90:
Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class A

PDB-6r91:
Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3)-UV-DDB

PDB-6r92:
Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class B

PDB-6r93:
Cryo-EM structure of NCP-6-4PP

PDB-6r94:
Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3)

由来
  • homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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