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タイトルSlow Delivery Immunization Enhances HIV Neutralizing Antibody and Germinal Center Responses via Modulation of Immunodominance.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 177, Issue 5, Page 1153-1171.e28, Year 2019
掲載日2019年5月16日
著者Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine Nakao / Matthias G Pauthner / Samantha Reiss / Christopher A Cottrell / Melissa L Smith / Raiza Bastidas / William Gibson / Amber N Wolabaugh / Mariane B Melo / Benjamin Cossette / Venkatesh Kumar / Nirav B Patel / Talar Tokatlian / Sergey Menis / Daniel W Kulp / Dennis R Burton / Ben Murrell / William R Schief / Steven E Bosinger / Andrew B Ward / Corey T Watson / Guido Silvestri / Darrell J Irvine / Shane Crotty /
PubMed 要旨Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the ...Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the immunological hurdles posed, including B cell immunodominance and germinal center (GC) quantity and quality. We found that two independent methods of slow delivery immunization of rhesus monkeys (RMs) resulted in more robust T follicular helper (T) cell responses and GC B cells with improved Env-binding, tracked by longitudinal fine needle aspirates. Improved GCs correlated with the development of >20-fold higher titers of autologous nAbs. Using a new RM genomic immunoglobulin locus reference, we identified differential IgV gene use between immunization modalities. Ab mapping demonstrated targeting of immunodominant non-neutralizing epitopes by conventional bolus-immunized animals, whereas slow delivery-immunized animals targeted a more diverse set of epitopes. Thus, alternative immunization strategies can enhance nAb development by altering GCs and modulating the immunodominance of non-neutralizing epitopes.
リンクCell / PubMed:31080066 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度16.4 - 29.5 Å
構造データ

EMDB-0569:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal 5N6 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.6 Å

EMDB-0570:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal 99-13 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.5 Å

EMDB-0571:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal 145-11 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.45 Å

EMDB-0572:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal BM57 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.6 Å

EMDB-0573:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal BO77 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.45 Å

EMDB-0574:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal BO77 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.6 Å

EMDB-0575:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal RAa14 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.7 Å

EMDB-0576:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal RAv16 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.5 Å

EMDB-0577:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal RAv16 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.38 Å

EMDB-0578:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal REj15 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.6 Å

EMDB-0579:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal REv16 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.4 Å

EMDB-0580:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal RHw16 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.45 Å

EMDB-0581:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal RMI15 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.7 Å

EMDB-0582:
HIV-1 vaccine elicited polyclonal RWo16 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.4 Å

EMDB-9138:
HIV-1 vaccine elicited Fab BDA1 in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-9175:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate 224-13
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.8 Å

EMDB-9176:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RCn
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.8 Å

EMDB-9177:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RFr16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.8 Å

EMDB-9178:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate ROw16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.6 Å

EMDB-9179:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RQq16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.5 Å

EMDB-9180:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RRk16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.5 Å

EMDB-9181:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RVh16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.8 Å

EMDB-9182:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RTh16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.8 Å

EMDB-9183:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RWh16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.8 Å

EMDB-9184:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RWr16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.5 Å

EMDB-9185:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate RYm16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.4 Å

EMDB-9186:
Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate ROw16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.5 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Macaca (マカク属)
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Macaca mulatta (アカゲザル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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