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Structure paper

タイトルHow a circularized tmRNA moves through the ribosome.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 363, Issue 6428, Page 740-744, Year 2019
掲載日2019年2月15日
著者Christopher D Rae / Yuliya Gordiyenko / V Ramakrishnan /
PubMed 要旨During trans-translation, transfer-messenger RNA (tmRNA) and small protein B (SmpB) together rescue ribosomes stalled on a truncated mRNA and tag the nascent polypeptide for degradation. We used cryo- ...During trans-translation, transfer-messenger RNA (tmRNA) and small protein B (SmpB) together rescue ribosomes stalled on a truncated mRNA and tag the nascent polypeptide for degradation. We used cryo-electron microscopy to determine the structures of three key states of the tmRNA-SmpB-ribosome complex during trans translation at resolutions of 3.7 to 4.4 angstroms. The results show how tmRNA and SmpB act specifically on stalled ribosomes and how the circularized complex moves through the ribosome, enabling translation to switch from the old defective message to the reading frame on tmRNA.
リンクScience / PubMed:30765567 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 4.3 Å
構造データ

4475

6q95

EMDB-4475, PDB-6q95:
Structure of tmRNA SmpB bound in A site of T. thermophilus 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

4476

6q97

EMDB-4476, PDB-6q97:
Structure of tmRNA SmpB bound in A site of E. coli 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

4477

6q98

EMDB-4477, PDB-6q98:
Structure of tmRNA SmpB bound in P site of E. coli 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

4478

6q9a

EMDB-4478, PDB-6q9a:
Structure of tmRNA SmpB bound past E site of E. coli 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (サーマス・サーモフィルス)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • Thermus thermophilus HB27 (サーマス・サーモフィルス)
  • thermus thermophilus (strain hb27 / atcc baa-163 / dsm 7039) (サーマス・サーモフィルス)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / tmRNA SmpB trans-translation translation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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