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タイトルStructure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 560, Issue 7720, Page 607-612, Year 2018
掲載日2018年8月22日
著者Seychelle M Vos / Lucas Farnung / Marc Boehning / Christoph Wigge / Andreas Linden / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
PubMed 要旨Gene regulation involves activation of RNA polymerase II (Pol II) that is paused and bound by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and negative elongation factor (NELF). Here ...Gene regulation involves activation of RNA polymerase II (Pol II) that is paused and bound by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and negative elongation factor (NELF). Here we show that formation of an activated Pol II elongation complex in vitro requires the kinase function of the positive transcription elongation factor b (P-TEFb) and the elongation factors PAF1 complex (PAF) and SPT6. The cryo-EM structure of an activated elongation complex of Sus scrofa Pol II and Homo sapiens DSIF, PAF and SPT6 was determined at 3.1 Å resolution and compared to the structure of the paused elongation complex formed by Pol II, DSIF and NELF. PAF displaces NELF from the Pol II funnel for pause release. P-TEFb phosphorylates the Pol II linker to the C-terminal domain. SPT6 binds to the phosphorylated C-terminal-domain linker and opens the RNA clamp formed by DSIF. These results provide the molecular basis for Pol II pause release and elongation activation.
リンクNature / PubMed:30135578
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.802 - 3.49 Å
構造データ

EMDB-0030:
Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 (Map B, NGN/SPT4 selected particles)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

0031

6gmh

EMDB-0031: Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 (Map A)
PDB-6gmh: Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-0032:
Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6, KOW1 selected particles (Map C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-0033:
Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6, KOWx-4 selected particles (Map D)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-0034:
Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6, SPT6 core selected particles (Map E)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-0035:
Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6, selected SPT6 tSH2 particles (Map F)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-0036:
Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6, upstream DNA selected particles (Map G)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-0037:
Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6, CTR9 selected particles (Map H)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

PDB-6gme:
Structure of H. sapiens SPT6 tandem SH2 domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.802 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • Pig (ブタ)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / SH2 domain (SH2ドメイン) / Pol II interaction / Kinase target / Transcription factor (転写因子) / DNA (デオキシリボ核酸) / RNA Polymerase (RNAポリメラーゼ) / DSIF / PAF1c / SPT6

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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