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タイトルStructure and assembly of the Ebola virus nucleocapsid.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 551, Issue 7680, Page 394-397, Year 2017
掲載日2017年11月16日
著者William Wan / Larissa Kolesnikova / Mairi Clarke / Alexander Koehler / Takeshi Noda / Stephan Becker / John A G Briggs /
PubMed 要旨Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles ...Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles virus, and respiratory syncytial virus. Mononegaviruses have non-segmented, single-stranded negative-sense RNA genomes that are encapsidated by nucleoprotein and other viral proteins to form a helical nucleocapsid. The nucleocapsid acts as a scaffold for virus assembly and as a template for genome transcription and replication. Insights into nucleoprotein-nucleoprotein interactions have been derived from structural studies of oligomerized, RNA-encapsidating nucleoprotein, and cryo-electron microscopy of nucleocapsid or nucleocapsid-like structures. There have been no high-resolution reconstructions of complete mononegavirus nucleocapsids. Here we apply cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the structure of Ebola virus nucleocapsid within intact viruses and recombinant nucleocapsid-like assemblies. These structures reveal the identity and arrangement of the nucleocapsid components, and suggest that the formation of an extended α-helix from the disordered carboxy-terminal region of nucleoprotein-core links nucleoprotein oligomerization, nucleocapsid condensation, RNA encapsidation, and accessory protein recruitment.
リンクNature / PubMed:29144446 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度6.6 - 9.1 Å
構造データ

3869

6ehl

EMDB-3869: The structure of Ebola virus nucleoprotein (residues 1-450) in nucleocapsid-like assemblies
PDB-6ehl: Model of the Ebola virus nucleoprotein in recombinant nucleocapsid-like assemblies
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-3870:
Cryo-electron tomogram of Ebola virus nucleoprotein, residues 1-450
手法: EM (トモグラフィー)

3871

6ehm

EMDB-3871: The structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40)
PDB-6ehm: Model of the Ebola virus nucleocapsid subunit from recombinant virus-like particles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-3872:
Cryo-electron tomogram of Ebola virus virus-like particles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-3873:
The structure of Ebola virus nucleocapsid from virions
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-3874:
Cryo-electron tomogram of Ebola virus
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-3875:
The structure of Marburg virus nucleocapsid from virions
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-3876:
Cryo-electron tomogram of Marburg virus
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • zaire ebolavirus (strain mayinga-76) (エボラウイルス)
  • Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
  • Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス)
  • Marburg virus - Angola (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / nucleocapsid (カプシド) / virus-like particle (ウイルス様粒子)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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