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タイトルThe cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 114, Issue 17, Page E3396-E3403, Year 2017
掲載日2017年4月25日
著者Aida Razi / Alba Guarné / Joaquin Ortega /
PubMed 要旨Recent work suggests that bacterial YjeQ (RsgA) participates in the late stages of assembly of the 30S subunit and aids the assembly of the decoding center but also binds the mature 30S subunit with ...Recent work suggests that bacterial YjeQ (RsgA) participates in the late stages of assembly of the 30S subunit and aids the assembly of the decoding center but also binds the mature 30S subunit with high affinity. To determine the function and mechanisms of YjeQ in the context of the mature subunit, we determined the cryo-EM structure of the fully assembled 30S subunit in complex with YjeQ at 5.8-Å resolution. We found that binding of YjeQ stabilizes helix 44 into a conformation similar to that adopted by the subunit during proofreading. This finding indicates that, along with acting as an assembly factor, YjeQ has a role as a checkpoint protein, consisting of testing the proofreading ability of the 30S subunit. The structure also informs the mechanism by which YjeQ implements the release from the 30S subunit of a second assembly factor, called RbfA. Finally, it reveals how the 30S subunit stimulates YjeQ GTPase activity and leads to release of the protein. Checkpoint functions have been described for eukaryotic ribosome assembly factors; however, this work describes an example of a bacterial assembly factor that tests a specific translation mechanism of the 30S subunit.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:28396444 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度5.8 - 6.7 Å
構造データ

8621

5uz4

EMDB-8621, PDB-5uz4:
The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-8626:
Structure of the 30S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-8627:
Structure of the 30S subunit, subclass I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-8628:
Structure of the 30S subunit, subclass II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-GGM:
3'-O-(N-methylanthraniloyl)-beta:gamma-imidoguanosine-5'-triphosphate / 3′-O-[2-(メチルアミノ)ベンゾイル]グアノシン5′-O-りん酸[[(ジヒドロキシホスフィニル)アミノ]ヒドロキ(以下略)

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME/Hydrolase / Ribosome assembly (リボソーム) / 30S subunit / YjeQ protein / RsgA protein / RIBOSOME-Hydrolase complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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