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タイトルMolecular Mechanism of V(D)J Recombination from Synaptic RAG1-RAG2 Complex Structures.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 163, Issue 5, Page 1138-1152, Year 2015
掲載日2015年11月19日
著者Heng Ru / Melissa G Chambers / Tian-Min Fu / Alexander B Tong / Maofu Liao / Hao Wu /
PubMed 要旨Diverse repertoires of antigen-receptor genes that result from combinatorial splicing of coding segments by V(D)J recombination are hallmarks of vertebrate immunity. The (RAG1-RAG2)2 recombinase (RAG) ...Diverse repertoires of antigen-receptor genes that result from combinatorial splicing of coding segments by V(D)J recombination are hallmarks of vertebrate immunity. The (RAG1-RAG2)2 recombinase (RAG) recognizes recombination signal sequences (RSSs) containing a heptamer, a spacer of 12 or 23 base pairs, and a nonamer (12-RSS or 23-RSS) and introduces precise breaks at RSS-coding segment junctions. RAG forms synaptic complexes only with one 12-RSS and one 23-RSS, a dogma known as the 12/23 rule that governs the recombination fidelity. We report cryo-electron microscopy structures of synaptic RAG complexes at up to 3.4 Å resolution, which reveal a closed conformation with base flipping and base-specific recognition of RSSs. Distortion at RSS-coding segment junctions and base flipping in coding segments uncover the two-metal-ion catalytic mechanism. Induced asymmetry involving tilting of the nonamer-binding domain dimer of RAG1 upon binding of HMGB1-bent 12-RSS or 23-RSS underlies the molecular mechanism for the 12/23 rule.
リンクCell / PubMed:26548953 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 9.0 Å
構造データ

6487

3jbx

EMDB-6487: Cryo-electron microscopy structure of RAG SEC (C2 symmetry)
PDB-3jbx: Cryo-electron microscopy structure of RAG Signal End Complex (C2 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

6488

3jby

EMDB-6488: Cryo-electron microscopy structure of RAG PC (C2 symmetry)
PDB-3jby: Cryo-electron microscopy structure of RAG Paired Complex (C2 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

6489

3jbw

EMDB-6489: Cryo-electron microscopy structure of RAG PC (with NBD, no symmetry)
PDB-3jbw: Cryo-electron microscopy structure of RAG Paired Complex (with NBD, no symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-6490:
Cryo-electron microscopy structure of Apo-RAG (C2 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-6491:
Cryo-electron microscopy structure from the combined data of RAG SEC and PC (C2 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • danio rerio (ゼブラフィッシュ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRECOMBINATION/DNA / RAG1 / RAG2 / V(D)J recombination (V(D)J遺伝子再構成) / Paired complex / Antigen receptor gene recombination / T and B cell development / RECOMBINATION-DNA complex / Signal end complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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