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タイトルSubnanometer-resolution structure determination in situ by hybrid subtomogram averaging - single particle cryo-EM.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 3709, Year 2020
掲載日2020年7月24日
著者Ricardo M Sanchez / Yingyi Zhang / Wenbo Chen / Lea Dietrich / Mikhail Kudryashev /
PubMed 要旨Cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging (StA) has yielded high-resolution structures of macromolecules in their native context. However, high-resolution StA is not commonplace ...Cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging (StA) has yielded high-resolution structures of macromolecules in their native context. However, high-resolution StA is not commonplace due to beam-induced sample drift, images with poor signal-to-noise ratios (SNR), challenges in CTF correction, and limited particle number. Here we address these issues by collecting tilt series with a higher electron dose at the zero-degree tilt. Particles of interest are then located within reconstructed tomograms, processed by conventional StA, and then re-extracted from the high-dose images in 2D. Single particle analysis tools are then applied to refine the 2D particle alignment and generate a reconstruction. Use of our hybrid StA (hStA) workflow improved the resolution for tobacco mosaic virus from 7.2 to 4.4 Å and for the ion channel RyR1 in crowded native membranes from 12.9 to 9.1 Å. These resolution gains make hStA a promising approach for other StA projects aimed at achieving subnanometer resolution.
リンクPubMed:32709843 / Publisher's page
キーワードCalcium Channels (カルシウムチャネル) / Cryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / Electron Microscope Tomography / Image Processing, Computer-Assisted (デジタル画像処理) / Macromolecular Substances / Ryanodine Receptor Calcium Release Channel (リアノジン受容体) / Signal-To-Noise Ratio / Single Molecule Imaging / Workflow
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度5.24 - 9.1 A
構造データ

EMDB-10834:
Tobacco mosaic virus (TMV) structure determined by a hybrid STA-SPA workflow

EMDB-10840:
Structure of RyR1 in apo/closed state in native membrane

由来
  • Tobacco mosaic virus (タバコモザイクウイルス)
  • Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2018年2月20日: 2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

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