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タイトルRelease factor-dependent ribosome rescue by BrfA in the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 5397, Year 2019
掲載日2019年11月27日
著者Naomi Shimokawa-Chiba / Claudia Müller / Keigo Fujiwara / Bertrand Beckert / Koreaki Ito / Daniel N Wilson / Shinobu Chiba /
PubMed 要旨Rescue of the ribosomes from dead-end translation complexes, such as those on truncated (non-stop) mRNA, is essential for the cell. Whereas bacteria use trans-translation for ribosome rescue, some ...Rescue of the ribosomes from dead-end translation complexes, such as those on truncated (non-stop) mRNA, is essential for the cell. Whereas bacteria use trans-translation for ribosome rescue, some Gram-negative species possess alternative and release factor (RF)-dependent rescue factors, which enable an RF to catalyze stop-codon-independent polypeptide release. We now discover that the Gram-positive Bacillus subtilis has an evolutionarily distinct ribosome rescue factor named BrfA. Genetic analysis shows that B. subtilis requires the function of either trans-translation or BrfA for growth, even in the absence of proteotoxic stresses. Biochemical and cryo-electron microscopy (cryo-EM) characterization demonstrates that BrfA binds to non-stop stalled ribosomes, recruits homologous RF2, but not RF1, and induces its transition into an open active conformation. Although BrfA is distinct from E. coli ArfA, they use convergent strategies in terms of mode of action and expression regulation, indicating that many bacteria may have evolved as yet unidentified ribosome rescue systems.
リンクNat Commun / PubMed:31776341 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.06 Å
構造データ

EMDB-10353, PDB-6szs:
Release factor-dependent ribosome rescue by BrfA in the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードArfA protein, E coli / Bacillus subtilis (枯草菌) / Bacterial Proteins (細菌) / CRISPR-Cas Systems (CRISPR) / Cryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / Escherichia coli Proteins (大腸菌) / Gene Expression Regulation, Bacterial / Microorganisms, Genetically-Modified / Peptide Termination Factors / Protein Biosynthesis (タンパク質生合成) / Protein Conformation / RNA, Transfer, Amino Acyl (リボ核酸) / RNA-Binding Proteins (RNA結合タンパク質) / Ribosomes (リボソーム) / peptide chain termination release factor 2 / tRNA, peptidyl- (転移RNA) / RIBOSOME (リボソーム) / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / bacterial ribosome rescue / Bacillus ribosome rescue factor A / Bacillus subtilis peptide chain release factor 2

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New: 新型コロナ情報

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EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
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関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

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