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タイトルMechanism of ribosome stalling during translation of a poly(A) tail.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 26, Issue 12, Page 1132-1140, Year 2019
掲載日2019年11月25日
著者Viswanathan Chandrasekaran / Szymon Juszkiewicz / Junhong Choi / Joseph D Puglisi / Alan Brown / Sichen Shao / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde /
PubMed 要旨Faulty or damaged messenger RNAs are detected by the cell when translating ribosomes stall during elongation and trigger pathways of mRNA decay, nascent protein degradation and ribosome recycling. ...Faulty or damaged messenger RNAs are detected by the cell when translating ribosomes stall during elongation and trigger pathways of mRNA decay, nascent protein degradation and ribosome recycling. The most common mRNA defect in eukaryotes is probably inappropriate polyadenylation at near-cognate sites within the coding region. How ribosomes stall selectively when they encounter poly(A) is unclear. Here, we use biochemical and structural approaches in mammalian systems to show that poly-lysine, encoded by poly(A), favors a peptidyl-transfer RNA conformation suboptimal for peptide bond formation. This conformation partially slows elongation, permitting poly(A) mRNA in the ribosome's decoding center to adopt a ribosomal RNA-stabilized single-stranded helix. The reconfigured decoding center clashes with incoming aminoacyl-tRNA, thereby precluding elongation. Thus, coincidence detection of poly-lysine in the exit tunnel and poly(A) in the decoding center allows ribosomes to detect aberrant mRNAs selectively, stall elongation and trigger downstream quality control pathways essential for cellular homeostasis.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:31768042 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 Å
構造データ

EMDB-10181, PDB-6sgc:
Rabbit 80S ribosome stalled on a poly(A) tail
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-MG:
MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン / マグネシウム

ChemComp-ZN:
ZINC ION / 亜鉛

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン / スペルミジン

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • Rabbit (ウサギ)
キーワードHEK293 Cells / Humans (ヒト) / Models, Molecular / Nucleic Acid Conformation / Peptides (ペプチド) / Poly A / Polyadenylation (ポリアデニル化) / Polylysine / Protein Biosynthesis (タンパク質生合成) / RNA Stability / RNA, Messenger (リボ核酸) / RNA, Transfer (リボ核酸) / RNA, Transfer, Amino Acyl (リボ核酸) / Ribosomes (リボソーム) / RIBOSOME (リボソーム) / Protein Translation (翻訳 (生物学)) / Ribosome Stalling / polyA tail

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

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外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

  • EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。Excelなどでダウンロードしたデータを読み込むことができます。
    ページデータフォーマット
    EM Navigator 検索検索結果 CSV, TSV, JSON
    EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2018年2月20日: 2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

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