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タイトルVisualization of translation termination intermediates trapped by the Apidaecin 137 peptide during RF3-mediated recycling of RF1.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 9, Issue 1, Page 3053-3053, Year 2018
掲載日2018年8月3日
著者Michael Graf / Paul Huter / Cristina Maracci / Miroslav Peterek / Marina V Rodnina / Daniel N Wilson
External linksPubMed:30076302 / Publisher's page
キーワードAntimicrobial Cationic Peptides / Binding Sites / Cryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli Proteins (大腸菌) / GTP Phosphohydrolases / Molecular Docking Simulation / Peptide Chain Termination, Translational / Peptide Termination Factors / Protein Binding (タンパク質) / Protein Biosynthesis (タンパク質生合成) / Protein Conformation / RNA, Transfer (リボ核酸) / Ribosomal Proteins / Ribosome Subunits, Large, Bacterial (リボソーム) / Ribosomes (リボソーム) / apidaecin / prfA protein, E coli / prfC protein, E coli / RIBOSOME (リボソーム) / single particle cryo-EM / GTPase (GTPアーゼ) / ribosome (リボソーム) / release factor RF1 / RF2 / RF3 / subunit rotation / translation termination
手法EM (単粒子)
分解能3.8 - 4.4 A
構造データ

EMDB-0076:
Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State I)

EMDB-0081:
Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State III)

EMDB-0082:
Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and P/E-tRNA (State IV)

EMDB-0083:
Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP(RF3-only)

PDB-6gwt:
Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State I)

PDB-6gxn:
Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State III)

PDB-6gxo:
Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and P/E-tRNA (State IV)

PDB-6gxp:
Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP(RF3-only)

EMDB-0080:
Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State II)

PDB-6gxm:
Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State II)

化合物

ChemComp-GCP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • apis mellifera (セイヨウミツバチ)

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EMN文献について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2018年2月20日: 2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

2018年2月20日のPDBj & BINDS 合同講習会の資料

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報: EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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