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タイトルStructural basis of MsbA-mediated lipopolysaccharide transport.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 549, Issue 7671, Page 233-237, Year 2017
掲載日2017年9月14日
著者Wei Mi / Yanyan Li / Sung Hwan Yoon / Robert K Ernst / Thomas Walz / Maofu Liao /
PubMed 要旨Lipopolysaccharide (LPS) in the outer membrane of Gram-negative bacteria is critical for the assembly of their cell envelopes. LPS synthesized in the cytoplasmic leaflet of the inner membrane is ...Lipopolysaccharide (LPS) in the outer membrane of Gram-negative bacteria is critical for the assembly of their cell envelopes. LPS synthesized in the cytoplasmic leaflet of the inner membrane is flipped to the periplasmic leaflet by MsbA, an ATP-binding cassette transporter. Despite substantial efforts, the structural mechanisms underlying MsbA-driven LPS flipping remain elusive. Here we use single-particle cryo-electron microscopy to elucidate the structures of lipid-nanodisc-embedded MsbA in three functional states. The 4.2 Å-resolution structure of the transmembrane domains of nucleotide-free MsbA reveals that LPS binds deep inside MsbA at the height of the periplasmic leaflet, establishing extensive hydrophilic and hydrophobic interactions with MsbA. Two sub-nanometre-resolution structures of MsbA with ADP-vanadate and ADP reveal an unprecedented closed and an inward-facing conformation, respectively. Our study uncovers the structural basis for LPS recognition, delineates the conformational transitions of MsbA to flip LPS, and paves the way for structural characterization of other lipid flippases.
リンクNature / PubMed:28869968 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.2 - 6.9 Å
構造データ

EMDB-8465:
3D cryo-EM reconstruction of MsbA-nanodisc with ADP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-8467, PDB-5ttp:
Cryo-EM structure of MsbA-nanodisc with ADP-vanadate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-8469, PDB-5tv4:
3D cryo-EM reconstruction of nucleotide-free MsbA in lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-8669:
CryoEM map of MsbA in POPG nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-8670:
CryoEM map of MsbA with lipid A in POPG nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8671:
CryoEM map of MsbA in POPC nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-FTT:
3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

ChemComp-DAO:
LAURIC ACID / ラウリン酸

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli o157:h7 (大腸菌)
キーワードHYDROLASE / ABC transporter / LPS / flippase / nanodisc

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EMN文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
  • PubMedのデータを利用しています。

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