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Structure paper

タイトルStructural basis of MsbA-mediated lipopolysaccharide transport.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2017
掲載日2017年9月6日
著者Wei Mi / Yanyan Li / Sung Hwan Yoon / Robert K Ernst / Thomas Walz / Maofu Liao
External linksPubMed:28869968 / Publisher's page
手法EM (単粒子)
分解能4.2 - 6.9 A
構造データ

EMDB-8465:
3D cryo-EM reconstruction of MsbA-nanodisc with ADP

EMDB-8467:
Cryo-EM structure of MsbA-nanodisc with ADP-vanadate

EMDB-8469:
3D cryo-EM reconstruction of nucleotide-free MsbA in lipid nanodisc

EMDB-8669:
CryoEM map of MsbA in POPG nanodisc

EMDB-8670:
CryoEM map of MsbA with lipid A in POPG nanodisc

EMDB-8671:
CryoEM map of MsbA in POPC nanodisc

PDB-5ttp:
Cryo-EM structure of MsbA-nanodisc with ADP-vanadate

PDB-5tv4:
3D cryo-EM reconstruction of nucleotide-free MsbA in lipid nanodisc

化合物

ChemComp-PA1:
2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose

ChemComp-KDO:
3-DEOXY-D-MANNO-OCT-2-ULOSONIC ACID

ChemComp-GMH:
L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOPYRANOSE

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION

ChemComp-FTT:
3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID

ChemComp-DAO:
LAURIC ACID

由来Escherichia coli / バクテリア / エシェリキア・コリ, 大腸菌 /
Escherichia coli o157:h7 / バクテリア / 画像: Escherichia coli
キーワードHYDROLASE / ABC transporter / LPS / flippase / nanodisc

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EMN文献について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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EMN文献

3DEM構造データから引用されている文献のデータベース

  • EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報: EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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