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Structure paper

タイトルIlluminating the molecular basis of human daylight vision.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 392, Issue 6805, Page eadz3624, Year 2026
掲載日2026年6月25日
著者Sarah L Schmidt / Jakub Dostal / Saumik Sen / Andrej Hovan / Deborah Walter / Martin V Appleby / Asato Kojima / Hideaki E Kato / John H Beale / Miroslav Kloz / Gebhard F X Schertler / Polina Isaikina /
PubMed 要旨Photopic vision, including fast motion and color perception in daylight, is mediated by cone opsins, specialized G protein-coupled receptors (GPCRs). Despite sharing the same chromophore, the three ...Photopic vision, including fast motion and color perception in daylight, is mediated by cone opsins, specialized G protein-coupled receptors (GPCRs). Despite sharing the same chromophore, the three receptor subtypes absorb light at different wavelengths of the visible spectrum. The molecular mechanisms governing their spectral properties and exceptionally rapid responses remain largely unknown. We report cryo-electron microscopy structures of the human blue-sensitive (OPN1SW) and green-sensitive (OPN1MW) cone opsins in their dark-adapted states, combined with femtosecond-resolution spectroscopy, functional assays, and advanced simulations. The data reveal distinct chromophore stabilization mechanisms across human visual opsins and specific sequence adaptations in the GPCR microswitch motifs, underlining their structural plasticity and distinct activation mechanisms. These findings delineate the molecular basis of the evolutionary refinements fulfilling the needs of vision in daylight.
リンクScience / PubMed:42348698
手法EM (単粒子)
解像度3.06 - 3.9 Å
構造データ

52615

9i3t

EMDB-52615, PDB-9i3t:
Dark-state structure of human medium-wave-sensitive cone opsin (OPN1MW)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-52707: Dark-state structure of human medium-wavelength cone opsin (OPN1MW)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

52814

9ibw

EMDB-52814, PDB-9ibw:
Dark-state structure of human short-wave-sensitive opsin (OPN1SW)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

53268

9qp4

EMDB-53268, PDB-9qp4:
Pre-active dark-state structure of human short-wave-sensitive opsin (OPN1SW)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

化合物

ChemComp-RET:
RETINAL

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Human Cone opsin / GPCR / Retinal binding protein / Vision / Color perception / human daylight vision / OPN1SW / blue cone opsin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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