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万見
- PDB-9ibw: Dark-state structure of human short-wave-sensitive opsin (OPN1SW) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ibw
タイトルDark-state structure of human short-wave-sensitive opsin (OPN1SW)
要素
  • Heavy chain BRIL Fab SRP2070
  • Light chain BRIL Fab SRP2070
  • Short-wave-sensitive opsin 1,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / human daylight vision / GPCR / OPN1SW / blue cone opsin
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to OPN1SW loss of function / cone photoreceptor disc membrane / The retinoid cycle in cones (daylight vision) / Opsins / absorption of visible light / G protein-coupled photoreceptor activity / cellular response to UV-A / cellular response to light stimulus / phototransduction / photoreceptor outer segment ...Defective visual phototransduction due to OPN1SW loss of function / cone photoreceptor disc membrane / The retinoid cycle in cones (daylight vision) / Opsins / absorption of visible light / G protein-coupled photoreceptor activity / cellular response to UV-A / cellular response to light stimulus / phototransduction / photoreceptor outer segment / visual perception / photoreceptor inner segment / electron transport chain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor disc membrane / signaling receptor activity / G alpha (i) signalling events / electron transfer activity / periplasmic space / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Opsin, blue sensitive / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Opsin, blue sensitive / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Short-wave-sensitive opsin 1 / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Schmidt, S.L. / Isaikina, P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2026
タイトル: Illuminating the molecular basis of human daylight vision.
著者: Sarah L Schmidt / Jakub Dostal / Saumik Sen / Andrej Hovan / Deborah Walter / Martin V Appleby / Asato Kojima / Hideaki E Kato / John H Beale / Miroslav Kloz / Gebhard F X Schertler / Polina Isaikina /
要旨: Photopic vision, including fast motion and color perception in daylight, is mediated by cone opsins, specialized G protein-coupled receptors (GPCRs). Despite sharing the same chromophore, the three ...Photopic vision, including fast motion and color perception in daylight, is mediated by cone opsins, specialized G protein-coupled receptors (GPCRs). Despite sharing the same chromophore, the three receptor subtypes absorb light at different wavelengths of the visible spectrum. The molecular mechanisms governing their spectral properties and exceptionally rapid responses remain largely unknown. We report cryo-electron microscopy structures of the human blue-sensitive (OPN1SW) and green-sensitive (OPN1MW) cone opsins in their dark-adapted states, combined with femtosecond-resolution spectroscopy, functional assays, and advanced simulations. The data reveal distinct chromophore stabilization mechanisms across human visual opsins and specific sequence adaptations in the GPCR microswitch motifs, underlining their structural plasticity and distinct activation mechanisms. These findings delineate the molecular basis of the evolutionary refinements fulfilling the needs of vision in daylight.
履歴
登録2025年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年7月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.12026年7月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-wave-sensitive opsin 1,Soluble cytochrome b562
L: Light chain BRIL Fab SRP2070
H: Heavy chain BRIL Fab SRP2070
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6254
ポリマ－102,3413
非ポリマー2841
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Short-wave-sensitive opsin 1,Soluble cytochrome b562 / Blue cone photoreceptor pigment / Blue-sensitive opsin / BOP / Cytochrome b-562


分子量: 54494.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: OPN1SW, BCP, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03999, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 Light chain BRIL Fab SRP2070


分子量: 23812.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Heavy chain BRIL Fab SRP2070


分子量: 24033.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human short-wave-sensitive opsin fused to soluble cytochrome b562 in complex with SPR2070 Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 330659 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.22 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0045115
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5776933
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.776701
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.037754
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004871

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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