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Structure paper

タイトルWeaker neuroligin 2-neurexin β1 interaction tethers membranes and recruits gephyrin at membrane junctions through clustering.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 12, Issue 11, Page eads9732, Year 2026
掲載日2026年3月13日
著者Robbie Boyd / Khuloud Jaqaman / Weiwei Wang /
PubMed 要旨Single-pass transmembrane proteins neuroligin (NL) and neurexin (NRX) constitute a pair of synaptic adhesion molecules that are essential for the formation of functional synapses. Binding affinities ...Single-pass transmembrane proteins neuroligin (NL) and neurexin (NRX) constitute a pair of synaptic adhesion molecules that are essential for the formation of functional synapses. Binding affinities vary by ~1000-fold between combinations of NL and NRX subtypes, which contribute to chemical and spatial specificities. Among major NL-NRX subtypes, NL2 and NRXβ1 have the lowest affinity. Here, we report structures of NL2 in complex with NRXβ1 in several conformations, along with NL2 alone. We identify mechanisms underlying the modulation of NL-NRX affinities and how the weaker NL2-NRXβ1 interaction alone is capable of tethering lipid membranes. We further show that NL2 and NRXβ1 cluster at intercellular junctions and recruit the master postsynaptic scaffolding protein gephyrin, which further clusters neurotransmitter receptors. These findings suggest a dual role of the NL2-NRXβ1 interaction-both as mechanical tether and as signaling receptor-to ensure correct spatial and chemical coordination between two cells to generate functional synapses.
リンクSci Adv / PubMed:41824561 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.22 - 3.92 Å
構造データ

29811

8g7d

EMDB-29811, PDB-8g7d:
Cryo-EM structure of full length Neuroligin-2 from Mouse
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

29828

8g7y

EMDB-29828, PDB-8g7y:
Cryo-EM Structure of full length Neuroligin-2 from mouse with Neurexin-1 beta
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.92 Å

29829

8g7z

EMDB-29829, PDB-8g7z:
Cryo-EM structure of full length Neuroligin-2 from Mouse bound to two Neurexin-1 Beta conformation one
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

29830

8g80

EMDB-29830, PDB-8g80:
Cryo-EM structure of full length Neuroligin-2 from Mouse bound to two Neurexin-1 Beta conformation two
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

29831

8g81

EMDB-29831, PDB-8g81:
Cryo-EM structure of full length Neuroligin-2 from Mouse bound to two Neurexin-1 Beta conformation three
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-CA:
Unknown entry

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Neuroligin-2 / Neurexin-1 beta

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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