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タイトルStructures of human glucose-6-phosphate transporter reveal reciprocal antiport mechanism driving glucose-6-phosphate and inorganic phosphate exchange.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 11441, Year 2025
掲載日2025年12月11日
著者Qian Wang / Ningjie Guo / Yunxiang Du / Junwu Liu / Wanting Ai / Fengyi Yang / Yuanzai Zhu / Yuanyuan Zhao / Di Wu / Lei Liu / Xia Yao / Shuai Gao /
PubMed 要旨Glucose-6-phosphate transporter 1 (G6PT1) is essential for systemic glucose homeostasis, and its deficiency causes glycogen storage disease type 1b (GSD1b). G6PT1 functions as a sugar- ...Glucose-6-phosphate transporter 1 (G6PT1) is essential for systemic glucose homeostasis, and its deficiency causes glycogen storage disease type 1b (GSD1b). G6PT1 functions as a sugar-phosphate/inorganic phosphate (Pi) antiporter, orchestrating G6P transport into the endoplasmic reticulum lumen driven by a Pi gradient. Despite its physiological significance, the molecular mechanisms underlying substrate recognition and antiport activity remain poorly characterized. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human G6PT1 in apo, Pi-bound, and GlcN6P-bound (a G6P analogue) states, all captured in cytosol-open conformations. Combined with molecular docking and functional assays, these structures elucidate the molecular basis for Pi and G6P recognition in G6PT1. Comparative analysis reveals that Pi binding triggers an interdomain salt bridge formation, resulting in a thicker luminal gate and a more compact central cavity for G6P binding. In addition to the monomer, we identify a dimeric assembly of G6PT1. Mutating key residues at the dimer interface impairs transport activity, suggesting a regulatory role for oligomerization. Our findings thus provide a mechanistic framework for understanding G6PT1 working mechanism and its pathological dysregulation in GSD1b.
リンクNat Commun / PubMed:41381426 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.5 Å
構造データ

EMDB-64144, PDB-9ugu:
Cryo-EM Structure of Apo-G6PT1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-64147, PDB-9ugx:
Cryo-EM Structure of G6PT1-apo monomer in pi buffer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-64148, PDB-9ugy:
Cryo-EM Structure of G6PT1 bound with GlcN6P
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-66194, PDB-9ws8:
Cryo-EM Structure of G6PT1 treated with G6P
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-66215, PDB-9wt2:
Cryo-EM structure of Pi-free G6PT1 treated with GlcN6P
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

EMDB-66658, PDB-9x8x:
Cryo-EM Structure of G6PT1 bound with lower pi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-66660, PDB-9x95:
Cryo-EM Structure of G6PT1 without GlcN6P
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-66661, PDB-9x97:
Cryo-EM Structure of G6PT1 bound with upper pi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

化合物

ChemComp-GLP:
2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコサミン6-りん酸

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / G6P

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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