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タイトルStructural insights into the roles of PARP4 and NAD binding in the human vault cage.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 6724, Year 2025
掲載日2025年7月21日
著者Jane E Lodwick / Rong Shen / Satchal Erramilli / Yuan Xie / Karolina Roganowicz / Simone Ritchey / Anthony A Kossiakoff / Minglei Zhao /
PubMed 要旨Vault is a massive ribonucleoprotein complex found across Eukaryota. The major vault protein (MVP) oligomerizes into an ovular cage, which contains several minor vault components (MVCs) and is ...Vault is a massive ribonucleoprotein complex found across Eukaryota. The major vault protein (MVP) oligomerizes into an ovular cage, which contains several minor vault components (MVCs) and is thought to transport transiently bound "cargo" molecules. Vertebrate vaults house a poly (ADP-ribose) polymerase (known as PARP4 in humans), which is the only MVC with known enzymatic activity. Despite being discovered decades ago, the molecular basis for PARP4's interaction with MVP remains unclear. In this study, we determined the structure of the human vault cage in complex with PARP4 and its enzymatic substrate NAD. The structures reveal atomic-level details of the protein-binding interface, as well as unexpected binding sites for NAD and related nucleotides within the interior of the vault cage. In addition, proteomics data show that human vaults purified from wild-type and PARP4-depleted cells interact with distinct subsets of proteins. Our results thereby support a model in which PARP4's specific incorporation into the vault cage helps to regulate vault's selection of cargo and its subcellular localization. Further, PARP4's proximity to MVP's NAD-binding sites could support its enzymatic function within the vault.
リンクNat Commun / PubMed:40691181 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.49 Å
構造データ

44953

9bw5

EMDB-44953, PDB-9bw5:
Human Vault Cage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-44954: Human Vault Cage in complex with NAD+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

44955

9bw6

EMDB-44955, PDB-9bw6:
Human Vault Cage in complex with PARP4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

44957

9bw7

EMDB-44957, PDB-9bw7:
Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-44959: Human Vault Cage in the presence of ADP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-44960: Human Vault Cage in complex with the MINT domain of PARP4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

48716

9mxj

EMDB-48716, PDB-9mxj:
Human Vault Cage in complex with ADP-ribose
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

化合物

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

ChemComp-APR:
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Vault / Vault Cage / MVP / Major Vault Protein / SPFH / PARP4 / Poly(ADP-ribose)Polymerase 4 / Poly(ADP-ribose)Polymerase / MINT / Ribonucleoprotein / Megadalton complex / TEP1 / vault RNA / Poly(ADP-ribose) Polymerase 4 / NAD+ / NAD / Poly(ADP-ribose) Polymerase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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