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タイトルMouse radial spoke 3 is a metabolic and regulatory hub in cilia.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 8, Page 1542-1554, Year 2025
掲載日2025年6月27日
著者Yanhe Zhao / Kangkang Song / Amirrasoul Tavakoli / Long Gui / Angeles Fernandez-Gonzalez / Song Zhang / Petras P Dzeja / S Alex Mitsialis / Xuewu Zhang / Daniela Nicastro /
PubMed 要旨Cilia are microtubule-based organelles that have important roles in cell sensing, signaling and motility. Recent studies have revealed the atomic structures of many multicomponent ciliary complexes, ...Cilia are microtubule-based organelles that have important roles in cell sensing, signaling and motility. Recent studies have revealed the atomic structures of many multicomponent ciliary complexes, elucidating their mechanisms of action. However, little is known about the structure, proteome and function of full-length radial spoke 3 (RS3), a conserved complex that transmits mechanochemical signals to coordinate ciliary motility. Here, we combined single-particle cryo-electron microscopy, cryo-electron tomography, proteomic analysis and computational modeling to determine the three-dimensional structure and atomic model of RS3 from mouse respiratory cilia. We reveal all RS3 components, including regulatory and metabolic enzymes such as a protein kinase A subunit, adenylate kinases (AKs) and malate dehydrogenases. Furthermore, we confirm RS3 loss in AK7-deficient mice, which exhibit motility defects. Our findings identify RS3 as an important regulatory and metabolic hub that maintains sufficient adenosine triphosphate for sustained ciliary beating, providing insights into the etiology of ciliopathies.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40579595 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度4.7 - 44.0 Å
構造データ

EMDB-46484: Cryo-electron tomography and subtomogram averaging of WT mouse respiratory ciliary axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.0 Å

EMDB-46485: Cryo-electron tomography and subtomogram averaging of AK1-/- mouse respiratory ciliary axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 44.0 Å

EMDB-46486: Cryo-electron tomography and subtomogram averaging of AK7-/- mouse respiratory ciliary axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 38.0 Å

EMDB-46490: The cryo-EM structure of RS3 of mouse respiratory cilia
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-46491: The cryo-EM structure of RS3 (head and neck) of mouse respiratory cilia
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-46492: The cryo-EM structure of RS3 (base and stalk) of mouse respiratory cilia
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

46494

9d2f

EMDB-46494: 3D structure and atomic structure of RS3 of mouse respiratory cilia
PDB-9d2f: 3D structure and atomic model of RS3 of mouse respiratory cilia
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / axoneme / radial spoke

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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