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タイトルNaturally ornate RNA-only complexes revealed by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2025
掲載日2025年5月6日
著者Rachael C Kretsch / Yuan Wu / Svetlana A Shabalina / Hyunbin Lee / Grace Nye / Eugene V Koonin / Alex Gao / Wah Chiu / Rhiju Das /
PubMed 要旨The structures of natural RNAs remain poorly characterized and may hold numerous surprises. Here we report three-dimensional structures of three large ornate bacterial RNAs using cryo-electron ...The structures of natural RNAs remain poorly characterized and may hold numerous surprises. Here we report three-dimensional structures of three large ornate bacterial RNAs using cryo-electron microscopy (cryo-EM). GOLLD (Giant, Ornate, Lake- and Lactobacillales-Derived), ROOL (Rumen-Originating, Ornate, Large) and OLE (Ornate Large Extremophilic) RNAs form homo-oligomeric complexes whose stoichiometries are retained at lower concentrations than measured in cells. OLE RNA forms a dimeric complex with long co-axial pipes spanning two monomers. Both GOLLD and ROOL form distinct RNA-only multimeric nanocages with diameters larger than the ribosome, each empty except for a disordered loop. Extensive intramolecular and intermolecular A-minor interactions, kissing loops, an unusual A-A helix and other interactions stabilize the three complexes. Sequence covariation analysis of these large RNAs reveals evolutionary conservation of intermolecular interactions, supporting the biological importance of large, ornate RNA quaternary structures that can assemble without any involvement of proteins.
リンクNature / PubMed:40328315
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.7 Å
構造データ

48162

9ely

EMDB-48162, PDB-9ely:
raiA RNA motif (Clostridium acetobutylicum)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

48163

9mcw

EMDB-48163, PDB-9mcw:
OLE RNA dimer (Clostridium acetobutylicum)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

48179

9mds

EMDB-48179, PDB-9mds:
ROOL RNA nanocage (env-120)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

48214

9mee

EMDB-48214, PDB-9mee:
GOLLD RNA nanocage (env-38)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-70247: Focused refinement of ' domain of a subunit of GOLLD RNA nanocage.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-70248: Focused refinement of 5' domain of a single subunit of GOLLD RNA nanocage.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-70249: D7 reconstruction of GOLLD nanocage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-70250: Focused refinement of one subunit or ROOL RNA nanocage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-70251: D4 reconstruction of ROOL RNA nanocage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

由来
  • clostridium acetobutylicum atcc 824 (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードRNA / raiA / ncRNA / OLE / ROOL / nanocage / GOLLD

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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