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Structure paper

タイトルA stargate mechanism of genome delivery unveiled by cryogenic electron tomography.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2024
掲載日2024年6月11日
著者Pavol Bardy / Conor I W MacDonald / Paul C Kirchberger / Huw T Jenkins / Tibor Botka / Lewis Byrom / Nawshin T B Alim / Daouda A K Traore / Hannah C König / Tristan R Nicholas / Maria Chechik / Samuel J Hart / Johan P Turkenburg / James N Blaza / J Thomas Beatty / Paul C M Fogg / Alfred A Antson /
PubMed 要旨Single-stranded DNA bacteriophages of the family are major components of the global virosphere. Microviruses are highly abundant in aquatic ecosystems and are prominent members of the mammalian gut ...Single-stranded DNA bacteriophages of the family are major components of the global virosphere. Microviruses are highly abundant in aquatic ecosystems and are prominent members of the mammalian gut microbiome, where their diversity has been linked to various chronic health disorders. Despite the clear importance of microviruses, little is known about the molecular mechanism of host infection. Here, we have characterized an exceptionally large microvirus, Ebor, and provide crucial insights into long-standing mechanistic questions. Cryogenic electron microscopy of Ebor revealed a capsid with trimeric protrusions that recognise lipopolysaccharides on the host surface. Cryogenic electron tomography of the host cell colonized with virus particles demonstrated that the virus initially attaches to the cell via five such protrusions, located at the corners of a single pentamer. This interaction triggers a stargate mechanism of capsid opening along the 5-fold symmetry axis, enabling delivery of the virus genome. Despite variations in specific virus-host interactions among different family viruses, structural data indicate that the stargate mechanism of infection is universally employed by all members of the family. Startlingly, our data reveal a mechanistic link for the opening of relatively small capsids made out of a single jelly-roll fold with the structurally unrelated giant viruses.
リンクbioRxiv / PubMed:38915634 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度3.2 - 31.0 Å
構造データ

50356

9ffg

EMDB-50356, PDB-9ffg:
Empty capsid of Rhodobacter microvirus Ebor computed with I4 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

50357

9ffh

EMDB-50357, PDB-9ffh:
Native capsid of Rhodobacter microvirus Ebor computed with I4 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-50358: In vitro-induced genome-releasing intermediate of Rhodobacter microvirus Ebor computed with C5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-50359: Rhodobacter microvirus Ebor attached to B10 host cell reconstructed by single particle analysis with applied C5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.84 Å

EMDB-50360: Rhodobacter microvirus Ebor attached to the outer membrane vesicle
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.2 Å

EMDB-50361: Rhodobacter microvirus Ebor attached to the host cell reconstructed by subtomogram averaging
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.0 Å

由来
  • rhodobacter capsulatus (バクテリア)
  • rhodobacter capsulatus sb 1003 (バクテリア)
キーワードVIRUS / ssDNA virus / Microviridae / Tainavirinae / Alphaproteobacteria / Rhodobacter capsulatus / aquatic virus / jelly-roll fold

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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