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タイトルPromiscuous G-protein activation by the calcium-sensing receptor.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 629, Issue 8011, Page 481-488, Year 2024
掲載日2024年4月17日
著者Hao Zuo / Jinseo Park / Aurel Frangaj / Jianxiang Ye / Guanqi Lu / Jamie J Manning / Wesley B Asher / Zhengyuan Lu / Guo-Bin Hu / Liguo Wang / Joshua Mendez / Edward Eng / Zhening Zhang / Xin Lin / Robert Grassucci / Wayne A Hendrickson / Oliver B Clarke / Jonathan A Javitch / Arthur D Conigrave / Qing R Fan /
PubMed 要旨The human calcium-sensing receptor (CaSR) detects fluctuations in the extracellular Ca concentration and maintains Ca homeostasis. It also mediates diverse cellular processes not associated with Ca ...The human calcium-sensing receptor (CaSR) detects fluctuations in the extracellular Ca concentration and maintains Ca homeostasis. It also mediates diverse cellular processes not associated with Ca balance. The functional pleiotropy of CaSR arises in part from its ability to signal through several G-protein subtypes. We determined structures of CaSR in complex with G proteins from three different subfamilies: G, G and G. We found that the homodimeric CaSR of each complex couples to a single G protein through a common mode. This involves the C-terminal helix of each Gα subunit binding to a shallow pocket that is formed in one CaSR subunit by all three intracellular loops (ICL1-ICL3), an extended transmembrane helix 3 and an ordered C-terminal region. G-protein binding expands the transmembrane dimer interface, which is further stabilized by phospholipid. The restraint imposed by the receptor dimer, in combination with ICL2, enables G-protein activation by facilitating conformational transition of Gα. We identified a single Gα residue that determines G and G versus G selectivity. The length and flexibility of ICL2 allows CaSR to bind all three Gα subtypes, thereby conferring capacity for promiscuous G-protein coupling.
リンクNature / PubMed:38632411
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 4.0 Å
構造データ

EMDB-43811, PDB-9asb:
Structure of human calcium-sensing receptor in complex with chimeric Gq (miniGisq) protein in nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-43836: Consensus map of human CaSR-miniGisq complex in nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-43837: Local refinement map of CaSR extracellular domain in nanodisc-reconstituted human CaSR-miniGisq complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-43840: Local refinement map of CaSR transmembrane domain in nanodisc-reconstituted human CaSR-miniGisq complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43841: Local refinement map of G protein in nanodisc-reconstituted human CaSR-miniGisq complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-43897: Consensus map of human CaSR-miniGis complex in nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-43898: Local refinement map of CaSR extracellular domain in nanodisc-reconstituted human CaSR-miniGis complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-43899: Local refinement map of CaSR transmembrane domain in nanodisc-reconstituted human CaSR-miniGis complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-43900: Local refinement map of G protein in nanodisc-reconstituted human CaSR-miniGis complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-43901, PDB-9avg:
Structure of human calcium-sensing receptor in complex with chimeric Gs (miniGis) protein in nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-43904: Consensus map of human CaSR-Gi3 complex in nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-43905: Local refinement map of CaSR extracellular domain in nanodisc-reconstituted human CaSR-Gi3 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-43906: Local refinement map of CaSR transmembrane domain in nanodisc-reconstituted human CaSR-Gi3 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-43907: Local refinement map of G protein in nanodisc-reconstituted human CaSR-Gi3 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43908, PDB-9avl:
Structure of human calcium-sensing receptor in complex with Gi3 protein in nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-43961: Consensus map of human CaSR-miniGisq complex in detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-43962: Local refinement map of CaSR extracellular domain (ECD) in detergent-solubilized human CaSR-miniGisq complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-43963: Local refinement map of CaSR transmembrane domain (TMD) in detergent-solubilized human CaSR-miniGisq complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43964: Local refinement map of G protein in detergent-solubilized human CaSR-miniGisq complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-43966, PDB-9axf:
Structure of human calcium-sensing receptor in complex with chimeric Gq (miniGisq) protein in detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-43986: Consensus map of human CaSR-miniGi1 complex in detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-43987: Local refinement map of CaSR extracellular domain (ECD) in detergent-solubilized human CaSR-miniGi1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-43988: Local refinement map of CaSR transmembrane domain (TMD) in detergent-solubilized human CaSR-miniGi1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-43989: Local refinement map of G protein in detergent-solubilized human CaSR-miniGi1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-43990, PDB-9ayf:
Structure of human calcium-sensing receptor in complex with Gi1 (miniGi1) protein in detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-9IG:
3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine / NPS-R-568

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

PDB-1af7:
CHER FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • lama glama (ラマ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Calcium-sensing receptor / G-protein-coupled receptor / G protein / signal transduction

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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