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タイトルCryo-EM structures of Banna virus in multiple states reveal stepwise detachment of viral spikes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 2284, Year 2024
掲載日2024年3月13日
著者Zhiqiang Li / Han Xia / Guibo Rao / Yan Fu / Tingting Chong / Kexing Tian / Zhiming Yuan / Sheng Cao /
PubMed 要旨Banna virus (BAV) is the prototype Seadornavirus, a class of reoviruses for which there has been little structural study. Here, we report atomic cryo-EM structures of three states of BAV virions- ...Banna virus (BAV) is the prototype Seadornavirus, a class of reoviruses for which there has been little structural study. Here, we report atomic cryo-EM structures of three states of BAV virions-surrounded by 120 spikes (full virions), 60 spikes (partial virions), or no spikes (cores). BAV cores are double-layered particles similar to the cores of other non-turreted reoviruses, except for an additional protein component in the outer capsid shell, VP10. VP10 was identified to be a cementing protein that plays a pivotal role in the assembly of BAV virions by directly interacting with VP2 (inner capsid), VP8 (outer capsid), and VP4 (spike). Viral spikes (VP4/VP9 heterohexamers) are situated on top of VP10 molecules in full or partial virions. Asymmetrical electrostatic interactions between VP10 monomers and VP4 trimers are disrupted by high pH treatment, which is thus a simple way to produce BAV cores. Low pH treatment of BAV virions removes only the flexible receptor binding protein VP9 and triggers significant conformational changes in the membrane penetration protein VP4. BAV virions adopt distinct spatial organization of their surface proteins compared with other well-studied reoviruses, suggesting that BAV may have a unique mechanism of penetration of cellular endomembranes.
リンクNat Commun / PubMed:38480794 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.64 - 5.7 Å
構造データ

36870

8k42

EMDB-36870, PDB-8k42:
Structure of full Banna virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

36871

8k43

EMDB-36871, PDB-8k43:
In situ structure of RNA-dependent RNA polymerase in full BAV particles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

36872

8k44

EMDB-36872, PDB-8k44:
Structure of VP9 in Banna virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

36880

8k49

EMDB-36880, PDB-8k49:
Structure of partial Banna virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

36881

8k4a

EMDB-36881, PDB-8k4a:
Structure of Banna virus core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

37378

8w9p

EMDB-37378, PDB-8w9p:
Structure of full Banna virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

37379

8w9q

EMDB-37379, PDB-8w9q:
Structure of partial Banna virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

37380

8w9r

EMDB-37380, PDB-8w9r:
Structure of Banna virus core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

由来
  • banna virus (ウイルス)
キーワードVIRUS / reovirus / complex / capsid protein / RdRp / inner capsid protein / VIRAL PROTEIN / receptor binding / spike / intermediate state / core particle

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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